慢性肾功能衰竭根据病程阶段的不同，其临床表现不尽一致，但主要表现在以下几个方面：
（1）中枢神经系统的表现：当血尿素氮高于60时，即可出现注意力减退、容易疲劳、记忆力下降等表现。随着肾功能的进一步恶化，可以出现意识障碍，嗜睡、呆滞、幻觉、共济失调等表现。尿毒症期则可出现尿毒症性脑病，主要表现为嗜睡、谵妄、扑翼样震颤甚至昏迷。尿毒症中枢神经系统的损害主要是由尿毒素所引起，另外酸中毒、低钠血症、高镁血症及高血压的作用亦不可忽视。尤其是低钠血症常可引起中枢神经系统的脱髓鞘病变，其预后十分恶劣。
（2）心血管系统的表现：80%-90%的终末期肾衰患者都伴有高血压。尿毒症患者常可并发急性肺水肿，轻度发作时表现为活动时呼吸困难，重度时则表现为端坐呼吸，咯血咳痰。尿毒症性心肌病则主要表现为心脏扩大、舒张前期奔马律、低血压及心律不齐等。尿毒症患者突发胸痛应注意尿毒症性心包炎，临床上可表现发热、胸痛、低血压、心包摩擦音及心影扩大，该病主要与尿毒素及出血倾向有关。长期透析存活的尿毒症患者中动脉粥样硬化的发生率较高；是长期透析患者的主要死亡原因之一。
（3）呼吸系统的表现：尿毒症时可以出现低氧血症。由于肺内静水压的增高，加上一些循环毒素可增加肺毛细血管的通透性，故容易引起肺水肿，导致“尿毒症肺”，即在双肺门周围出现蝶状分布的浸润灶。尿毒症患者常于肺泡隔上可出现转移性钙化灶，可能与甲状旁腺功能亢进、高钙血症及碱中毒有一定关系。肺的纤维化与钙化有关。另外充血性心功能衰竭及肺部感染常可引起胸膜腔积液。
（4）消化系统的表现：慢性肾功能衰竭早期即可出现食欲不振、味觉障碍，在尿毒症期可出现恶心、呕吐、腹泻；—呕血，便血等严重并发症，另外尿毒素可弥散进入消化道，通过尿素分解细菌的作用，致使胃肠道中铵的含量增加，故容易发生胃肠道炎症及溃疡。
（5）血液系统的表现：尿毒症患者贫血的程度与肾小球滤过率降低的程度成平行关系。尿毒症期患者容易出现鼻出血、齿龈出血、消化道出血，严重的甚至可有脑出血及硬膜下出血。尿素、肌酐及胍类复合物等尿毒素物质均可影响血小板的聚集、粘附及血小板因子Ⅲ的释放，尿毒症时血小板的数量也明显减少，这些均是尿毒症出血倾向的可能原因。
（6）代谢及内分泌系统的表现：慢性肾功能衰竭时患者可出现糖耐量异常，其主要原因可能是尿毒素的作用使胰腺p细胞释放胰岛素减少以及外周组织对胰岛素的反应性降低。由于肾小球滤过率的降低造成钙磷代谢紊乱而致的高磷、低钙血症，刺激甲状旁腺过度代偿，可引起慢性肾功能衰竭患者甲状旁腺功能亢进，表现为甲状旁腺肥大，血中PIH水平明显增高，PIH代谢异常不仅可使骨质吸收增加造成肾性骨病，而且聚积在血中的PIH本身即是—种尿毒素，与尿毒症时神经系统的异常、糖耐量。
异常及高脂血症的产生均有明显关系，尿毒症时甲状腺功能的改变主要表现为血中总T3水平低下，而T4、rT3及TSH的水平基本正常，但TSH对TPH负荷试验的反应低下，因此患者可能处于相对甲状腺功能减低酌状态，临床上可出现低体温、粘液样水肿、基础代谢率低下等表现。性功能减退是尿毒症患者的一个常见的临床表现，患者可表现为性欲低下、睾丸萎缩、精子产生减少，闭经或月经失调、不孕等。
（7）肌肉及骨骼系统的表现：慢性肾功能衰竭患者在尿毒症期可以出现肌无力、肌肉萎缩及骨营养不良症（肾性骨病）。肾性骨病包含：
1）骨欺化症
2）囊性纤维性骨炎
3）骨质疏松症
4）骨质硬化症等；肾性骨病的发生主要与维生素D活化障碍、继发性甲状旁腺功能亢进及代谢性酸中毒有关。
部分患者还可出现异位钙化现象；如在动脉壁、眼结膜，关节周围组织及皮肤等处出现钙化。眼结膜钙盐沉积是尿毒症患者“红跟症”的主要原因。关节周围组织的钙化可出现痛风样症状，尿毒症顽固性的皮肤瘙痒症可能与皮肤钙盐的沉积有关。
（8）免疫系统异常的表现：尿毒症患者容易出现感染，如易患流行性感冒，结核及病毒性肝炎等；其恶性肿瘤的发生率亦明显高于一般人群，另外尿毒症患者对疫苗（如乙型肝炎疫苗）接种的反应均明显降低，移植排异反应也明显低下。研究表明，尿毒症患者的细胞免疫及体液免疫功能明显受损，主要表现为T辅助细胞明显减少，CD4/CD8比例下降，NK细胞功能减退，IL—2产生减少，B淋巴细胞数也明显降低，尿毒症患者免疫系统的异常主要与多胺、胍类等中分子尿毒素对免疫功能的抑制及营养不良包括蛋白、锌；维生素及必需氨基酸等的缺乏有关。
（9）其它临床表现：尿毒症期可以出现水、电解质及酸碱代谢异常，如高钾血症；低钠血症、代谢性酸中毒等临床表现。尿毒素还可引起周围末梢神经轴索变性及继发脱髓鞘改变，临床上可出现末梢知觉障碍、双足灼热感、肌无力、肌痉挛、不安腿综合征等表现，末梢神经及血循环的损伤还可引起表皮剥脱、紫斑、瘙痒等皮肤病变。