1.痰涂片显微镜检查
痰标本涂片齐-尼染色找抗酸杆菌具有快速、简便等优点。厚涂片可提高检测阳性率。
抗酸染色直接镜检不能区分结核和非结核分枝杆菌，但在我国非结核分枝杆菌病相对较少，涂片找到抗酸杆菌绝大多数为结核杆菌，可以提示诊断。除了痰标本外，脓液、病灶组织、纤支镜刷检物、冲洗或灌洗液均可用于直接涂片检查。
2.结核菌培养
结核菌培养法具有很高敏感性和特异性。培养后可进行药敏测试。随着耐多药结核菌增多，药敏愈显重要。
3.分子生物学检测
聚合酶链反应（PCR）技术可以将标本中微量的结核菌DNA加以扩增。
4.结核菌
抗原和抗体检测采用E1ISA方法检测痰标本中结核菌抗原的结果差异甚大，可能与痰标本中结核菌抗原分布不甚均匀有关。