链球菌扁桃体炎尚需与下列疾病鉴别。
1.咽白喉 起病较缓，发热较本病为低，咽部充血不著，覆盖灰白色假膜，并可波及软腭、悬雍垂及咽壁等部位，假膜不易拭去，剥离时可留下出血面，咽拭培养及涂片检查有助于诊断。
2.传染性单核细胞增多症 咽部体征可与链球菌感染相仿，但发热持续时间长，抗菌药物无反应，周围血象中异常淋巴细胞显著增多，嗜异性凝集试验阳性。
3.樊尚（奋森）咽峡炎 口臭著，扁桃体及软腭上有污灰色假膜、继发性坏死。并有坏死组织脱落后形成的浅溃疡，周围组织无明显充血或水肿。病变多为一侧性，全身症状轻、热度低、白细胞计数正常。渗出物涂片可找到樊尚螺旋体和梭形杆菌。
4.药疹 可呈猩红热样皮疹，有服药史及一定潜伏期，无咽峡炎及“草莓舌”改变，中毒症状轻。
5.麻疹 起病初有明显卡他症状及口腔麻疹黏膜斑，起病后4天出疹，为斑丘疹，分布广，皮疹之间皮肤正常。
6.风疹 浅红色斑疹，耳后、枕淋巴结肿大，咽部症状轻，无“草莓舌”。
7.金葡菌感染 由于该菌有红疹毒素，亦可呈猩红热样皮疹，鉴别主要依靠细菌培养。