BE本身并无症状，其症状主要是由于胃食管反流及其并发症所引起的。多数患者最初有GERD症状，如胃灼热、反流、吞咽困难。常见症状多见于餐后及做某些动作引起反流时，弯腰、腹内压升高或夜间睡眠时可出现胸骨后烧灼样不适以及胸痛。胸痛可表现在剑突下或胸骨后，疼痛性质可呈烧灼样、针刺样或类似心绞痛，疼痛可通过饮食或服用抗酸药物缓解。多数BE患者没有因食管症状而就诊。
一般来讲，BE的症状比无BE的胃食管反流病症状要轻，原因是Barrett上皮比鳞状上皮更耐受消化性酸的侵袭。反酸、反胃是严重胃食管反流症状，胃肠内容物反流入食管可进入口腔，口内可有酸味或苦味，出现口臭、味觉损害、咽痛、慢性咽炎、声嘶、牙釉质腐蚀等现象。反流症状的轻重与BE程度无确定关系。部分患者有贫血或上消化道出血，如出现食管溃疡和狭窄，则表现为吞咽痛和相应的梗阻症状。吞咽困难的原因可能为鳞状上皮与柱状上皮交界处狭窄、慢性食管炎所导致的食管壁纤维化、食管蠕动功能减弱、急性炎症引起的食管痉挛或柱状上皮癌变、腺癌引起的食管腔梗阻。还有患者伴有严重反流，表现为呼吸系统并发症，如反复哮喘发作、慢性支气管炎、吸入性肺炎和肺间质纤维化等。