亚急性甲状腺炎需要与甲状腺结节的急性出血、慢性淋巴细胞性甲状腺炎的急性发病、寂静型或无痛性甲状腺炎及急性化脓性甲状腺炎相鉴别。在多发性结节性甲状腺肿的出血出到结节时，不难鉴别，因为此时可以触及甲状腺上有无触痛的结节；而出血至单个甲状腺结节时，则鉴别较困难。上述两种类型的出血中，病变以外的甲状腺组织的功能仍然存在，其血沉少有明显升高。
慢性淋巴细胞性甲状腺炎急性发病可伴有甲状腺疼痛及触痛，但腺体多是广泛受侵犯，血中抗甲状腺抗体大多升高。病人伴有甲亢表现时，需要与毒性弥漫性甲状腺肿鉴别，然而后者甲状腺摄取131Ⅰ率多是升高的。伴有甲亢的无痛性甲状腺炎，及有低减的放射性摄碘率，病理示慢性甲状腺炎，而无巨细胞存在时，常称为高功能甲状腺炎，与无痛性甲状腺炎的鉴别较困难，化验时血沉不增快，抗甲状腺抗体明显升高，提示为前者。急性化脓性甲状腺炎时，可见到身体其他部位有脓毒病灶，甲状腺的邻近组织存在明显的感染反应，白细胞明显升高，并有发热反应。急性化脓性甲状腺炎的放射性碘摄取功能仍然存在。
亚急性甲状腺炎很少需要与甲状腺广泛受侵犯的甲状腺癌相鉴别，因为二者的临床及实验室检查所见很不相同。