病理变化随人体对结核菌的免疫力与过敏反应的情况而定。
1.过敏反应强，病变以渗出性为主。
2.溃疡型肠结核：感染量多、毒力大，可有干酪样坏死，形成溃疡而致。
(围绕肠周径扩展，其边缘不规则，深浅不一，一般不发生急性穿孔。晚期病人常有慢性穿孔，形成腹腔内包裹性脓肿或肠瘘。肠段收缩变形，肠管环形狭窄，回肠与盲肠失去正常的解剖关系)。
3.增生型肠结核：机体免疫状况良好，感染较轻，则表现为肉芽组织增生，进一步纤维化而形成。
(局限在盲肠，有大量结核肉芽肿和纤维组织增生，使肠壁局限性增厚与变硬。常可见瘤样肿块突入肠腔，使肠腔变窄，引起梗阻)。
兼有两种病变者称为混合型肠结核或溃疡增生型肠结核。