CML的自然病程可分为慢性期和急变期，两期之间可能有一个移行阶段，称为加速期(acceleratedphase)。
一、慢性期
此期病情稳定，平均为3年，也有个别可长达10-20年。近几年来由于采取有效的治疗，可使急变期再回到慢性期，获得第二次稳定期。
二、加速期
是指患者在慢性期的治疗过程中出现病情进展的各种征象，但尚未达到急性的标准。此期表现有：血及骨髓原始细胞>5%而<20%;骨髓胶原纤维增加;无其他原因出现贫血和血小板减少或血小板增高(>1000×109/L);出现新的核型异常，体外GMCFU生长异常以及白细胞摄取胸腺嘧啶脱氧核苷增加等均可作为判断加速期的指标。
三、急变期
骨髓或外周血原始细胞≥20%;或原始加早幼粒细胞，外周血达30%，骨髓达50%;或出现髓外原始细胞浸润。
急变的细胞形态，急粒变占60%;急淋变占20%;未分化占15%;其余可为红系，巨核或混合性变。一旦发生急变，获第2次完全缓解<30%，中数生存期2-6月。