净现值法也是项目评估的常用方法，其优点是使评估定量化且方便可行，然而，与实物期权法相比，净现值法显示出了它的不足。用实物期权法估算的项目的实际价值是扩展的净现值，或者说是有灵活性的实物期权的净现值，而用净现值法估算的项目的实际价值是静态价值，是没有灵活性的净现值，这种价值一般低于实物期权法估算出来的价值。之所以会造成这种差距，这与净现值法的缺点有关。
所谓净现值法[Net Present Value(简称NPV)]，是指运用投资项目的净现值来进行投资评估的基本方法，净现值等于投资项目未来净现金流量按资本成本折算成现值，减去初始投资后的余额。
净现值法所依据的原理是：假设预计的现金流入在年末肯定可以实现，并把原始投资看成是按预定贴现率借入的。当净现值为正数时偿还本息后该项目仍有剩余的收益，当净现值为零时偿还本息后一无所获，当净现值为负数时该项目收益不足以偿还本息。
净现值法的缺点是考虑的因素简单，缺乏对未来不确定性的反映，容易造成对投资项目真实价值的低估。其应用的主要问题是难以确定贴现率，因为影响贴现率的因素很多，比如项目自带的风险性、投资者所要求的风险回报率、未来现金流的不确定性等。而且，净现值法只适用于工程技术简单、各项技术经济指标已经形成定额、有过成功经验的类似项目，而对于BOT这种时间跨度长、投资额大、不确定性强的项目来说，净现值法不是最理想的。
相比之下，由于实物期权法考虑了不确定性，对资产的机会价值做出预测，同时，由于管理者可以创造特定的战略期权，他们的决策可以增加项目的实物期权价值，因此，把实物期权法运用到BOT项目投资决策中，能使政府、投资者和经营者获得理想的利益，最大限度地降低各种风险。