根据所行使权利的不同，权证可以分为认购证和认沽证。认购证指权证的持有人有权利在一定时间内，以事先约定的价格向发行人购买特定数量的标的证券，其实质是一个看涨期权；认沽证则相反，指持有人有权利在一定时间内，以事先约定的价格向发行人出售特定数量的标的证券，其实质是一个看跌期权。放眼深沪股市目前的权证市场，自南航JTP1退市之后，目前已无认沽证的身影，市场交易的19只权证均为认购权证。
认购证及认沽证只是权证的分类方法中最基本的一种，从不同的角度考虑，还可以将权证分为多种不同种类。
例如，根据行权时间的不同，权证可以分为欧式权证、美式权证以及百慕大权证。欧式权证是指持有人只可以在权证到期日行权。如南航JTP1，存续期截止日期为2008年6月20日，行权日期也仅此一天；美式权证指权证持有人可以在权证到期前的任何交易日行权，而百慕大式权证则介于欧式权证和美式权证之间，指权证持有人有权在到期日之前的一个或多个交易日权。深沪股市多数权证即为百慕大式权证。其中，一些权证的行权期为到期前几个交易日，如石化CWB1的到期日为2010年3月3日，行权期为2010年2月25日至3月3日；一些权证的行权期则较长，如深发SFC2，行权日期从2008年5月19日至6月27日；另外还有一些权证的行权期较为灵活，可分多次行权，如马钢CWB1和钢钒GFC1，2007年和2008年各有一次行权机会。
根据权证发行人的不同，还可以将权证分为股本权证和备兑权证。股本权证是指标的证券的发行人所发行的权证，其发行目的主要是为了融资；而备兑权证是指由标的证券发行人之外的第三方发行的权证，通常是声誉较好、有发行资质的券商或者其他金融机构。与股本权证不同，备兑权证的发行商主要是为投资者提供一种杠杆投资工具，并依靠自己的风险管理能力来赚取利润。目前深沪股市权证市场以股本权证为主流，并无严格意义上的备兑权证。
在我国，根据权证发行目的不同，还可以将权证分为分离交易可转债分离出的股本权证，以及为解决股权分置问题而发行的股改权证。深沪股市目前上市流通的权证中，只有阿胶EJC1属于股改权证，其他权证均为分离交易可转债分离出的股本权证。