人们不能指望合同能明确定义和解释工程中发生的所有问题。在实际工程合同的签订和实施过程中，常常会有一些特殊问题发生。例如：合同中出现错误、矛盾和二义性的解释；有许多工程问题合同中未明确规定，出现事先未预料到的情况；工程施工中出现超过合同范围的事件，包括发生民事侵权行为，整个合同或合同的部分内容由于违反法律而无效等。
这些问题通常属于实际工程中的合同解释问题。由于实际工程问题非常复杂、千奇百怪，所以特殊问题的合同分析和解释常常反映出一个工程管理者对合同的理解水平，对本工程合同签订和实施过程的熟悉程度，以及他的经历，处理工程问题的经验。这项工作对监理工程师尤为重要。
我国合同法第125条规定：“当事人对合同条款的理解有争议的，应当按照合同所使用的词句、合同的有关条款，合同的目的、交易的性质以及诚实信用原则，确定该条款的真实意思”。但是工程承包合同的内容，签订过程，实施过程是十分复杂的，有其特殊性，对施工合同的解释也十分复杂。
一、合同中出现错误、矛盾、二义性的解释
由于建筑工程合同条款多、相关的文件多，其中错误、矛盾、二义性常常是难免的；不同语言之间的翻译、不同利益和立场的人员，不同的国度的合作者常常会对同一合同条款产生不同的理解。这些不同的理解又会导致工程过程中行为的不一致，最终产生合同争执。按照一般的合同原则，承包商对合同的理解负责，即由于自己理解错误造成报价、施工方案错误由承包商负责。但业主作为合同文件的起草者，应对合同文件的正确性负责，如果出现错误，含义不明，则应由工程师给出解释。通常情况下，由此造成承包商额外费用的增加，承包商可以提出索赔要求。由于工程实际情况是及其复杂的，对合同的解释很难提出一些规定性的方法，甚至对一个特定的工程案例无法提出一个确定的，标准的，能为各方面接收的解决结果。所以对合同的解释人们通常只能通过总结过去工程案例和经验提出一些处理问题的基本原则和程序。
1.字面解释为准。
任何调解人，仲裁人或法官在解决合同问题时都不能脱离合同文件中的文字表示的意思。如果合同文件规定清楚无误，并不含糊，则以字面解释为准。这是首先使用的，也是最重要的原则，但通常在合同争执中，合同用语很少是含义清晰，一读就懂的，都会有这样或那样的问题。则其解释又有如下规定：
（1）如果合同文件具有多种语言的文本，不同语言的翻译文本之间可能出现不一致的解释，则以合同条款所定义的“主导语言”的文本解释为准。
（2）顾及某些合同用语或工程用语在本行业中的专门的含义和习惯用法。由于建筑工程合同应符合建筑工程惯例，则在建筑工程领域有些名词在一定的地域、一定的专业范围内有特指的意义。这个意义应作为合同解释的支持，在这里不仅包括常用的技术术语，也包括一些非技术术语。因为它们是在特定的工程背景下被使用的，有一定的技术的或管理的规范支持。例如合同中规定“楼地面必须是平整的”，这个平整不是绝对的水平和平整，而是在规范所允许的高低差别范围内的平整。在现代工程中，人们通过在合同中增加名词解释和定义，以及使用统一的规范避免因语言的不一致导致双方对合同解释的不一致性。
案例：在我国的某水电工程中，承包商为国外某公司，我国某承包公司分包了隧道工程。分包合同规定：在隧道挖掘中，在设计挖方尺寸基础上，超挖不得超过40CM，在40CM以内的超挖工作量由总包负责，超过40CM的超挖由分包负责。
由于地质条件复杂，工期要求紧，分包商在施工中出现许多局部超挖超过40CM的情况，总包拒付超挖超过40CM部分的工程款。分包就此向总包提出索赔，因为分包商一直认为合同所规定的“40CM以内”，是指平均的概念，即只要总超挖量在40CM之内，则不是分包的责任，总包应付款。而且分包商强调，这是我国水电工程中的惯例解释。
当然，如果总包和分包都是中国的公司，这个惯例解释常常是可以被认可的。但在本合同中，没有“平均”两字，在解释中就不能加上这两字。如果局部超挖达到50CM，则按本合同字面解释，40CM～50CM范围的挖方工作量确实属于“超过40CM”的超挖，应由分包负责。既然字面解释已经准确，则不必再引用惯例解释。结果承包商损失了数百万元。
2.通常认为，承包商有责任对自己不理解的或合同中明显的意义含糊，或矛盾，或错误之处向业主提出征询意见。因为承包商负有正确理解招标文件的责任。
如果业主未积极地答复，则承包商可以按照对他有利的解释理解合同。而如果承包商对合同问题未作询问，有时会承担责任，即按业主解释为准。这种原则在实际工程中用得较少，主要当工程图纸或规范中出现常识性的、明显的错误（“一个有经验的承包商”能够发现的），而承包商按错实施工程，则要承包商承担责任。
案例：在我国某工程中采用固定总价合同，合同条件规定，承包商若发现施工图中的任何错误和异常应通知业主代表。在技术规范中规定，从安全的要求出发，消防用水管道必须与电缆分开铺设；而在图纸上，将消防用水管道和电缆放到了一个管道沟中。承包商按图报价并施工，该项工程完成后，工程师拒绝验收，指令承包商按规范要求施工，重新铺设管道沟，并拒绝给承包商任何补偿，其理由是：
（1）两种管道放一个沟中极不安全，违反工程规范。在工程中，一般规范（即本工程的说明）是优先于图纸的。
（2）即使施工图上注明两管放在一个管道沟中，这是一个设计错误。但作为一个有经验的承包商是应该能够发现这个常识性的错误的。而且合同中规定，承包商若发现施工图中任何错误和异常，应及时通知业主代表。承包商没有遵守合同规定。
当然，工程师这种处理是比较苛刻，而且存在推卸责任的行为，因为：不管怎么说设计责任应由业主承担，图纸错误应由业主负责。施工中，工程师一直在“监理”，他应当能够发现承包商施工中出现的问题，应及时发出指令纠正。
在本原则使用时应该注意到承包商承担这个责任的合理性和可能性。例如必须考虑承包商投标时有无合理的做标期。如果做标期太短，则这个责任就不应该由承包商负担。
在国外工程中也有不少这样处理的案例（见参考文献21）。所以对招标文件中发现的问题、错误、不一致，特别是施工图与规范之间的不一致，在投标前应向业主澄清，以获得正确的解释，否则承包商可能处于不利的地位。
3.顾及合同签订前后双方的书面文字及行为。虽然对合同的不同解释常常是在工程过程中才暴露出来的，但问题在合同签定前已经存在，而由于如下原因使问题没有暴露：
（1）双方未能很好沟通，双方都自以为是地解释合同。
（2）合同事件尚未发生，或工程活动尚未开始，矛盾没有暴露出来，大家都未注意到。
对此有如下几种处理：
①如果在合同签订前双方对此有过解释或说明，例如承包商分析招标文件后，在标前会议上提出了疑问，业主作了书面解释，则这个解释是有效的。
②尽管合同中存在含糊之处，但当事人双方在合同实施中已有共同意向的行为，则应按共同的意向解释合同，即事实决定对合同的解释。我国的合同法也有相似的规定。
案例：在一钢筋混凝土框架结构工程中，有钢结构杆件的安装分项工程。钢结构杆件由业主提供，承包商负责安装。在业主提供的技术文件上，仅用一道弧线表示了钢杆件，而没有详细的图纸或说明。施工中业主将杆件提供到现场，两端有螺纹，承包商接收了这些杆件，没有提出异议，在混凝土框架上用了螺母和子杆进行连接。在工程检查中承包商也没提出额外的要求。但当整个工程快完工时，承包商提出，原安装图纸表示不清楚，自己因工程难度增加导致费用超支，要求索赔。法院调查后表示，虽然合同曾对结构杆系的种类有含糊，但当业主提供了杆系，承包商无异议地接收了杆系，则这方面的疑问就不存在了。合同已因双方的行为得到了一致的解释，即业主提供的杆系符合合同要求。所以承包商索赔无效。
③推定变更。当事人一方对另一方的行为和提议在规定的时间内未提出异议或表示赞同时，对合同的修改或放弃权益的事实已经成立。所以对对方行为的沉默常常被认为是同意，是双方一致的意向，则形成对合同新的解释。
④按照合同的目的解释合同。对合同中出现矛盾、错误，或双方对合同的解释不一致，不能导致违背，或放弃，或损害合同目标的解决结果。这是合同解释的一个重要原则。
4.整体地解释合同。即将合同作为一个有机的整体，而不能只抓住某一条、某一个文件，断章取义。每一条款，只要它被写入合同中，都应被赋予一定的含义和目的，应该有所指，不能是无用的或无意义的。所以任何一个单词、短语、句子、条款都不能超越合同的其余部分进行解释。不能用某一个条款来否定另一个条款。所以当合同条款出现矛盾时，首先要决定每一个条款的目的、含义、适用范围，再将表面上有矛盾的条款的目的和含义、特指的范围进行对照，找出它们的一致性，以得到不相矛盾的解释。
这方面比较典型的案例是鲁布革引水工程排水设施的索赔案例：鲁布革引水系统工程，业主为中国水电部鲁布革工程局，承包商为日本大成建设株式会社，监理工程师为澳大利亚雪山公司。在工程过程中由于不利的自然条件造成排水设施的增加，引起费用索赔。
（1）合同相关内容分析。工程量表中有如下相关分项：3.07／1项：“提供和安装规定的最小排水能力”，作为总价项目，报价：42245547日元和32832.18元人民币；3.07／3项：“提供和安装额外排水能力”，作为总价项目，报价：10926404日元和4619.97元人民币。
同时技术规范中有：S3.07
（2）（C）规定：“由于开挖中的地下水量是未知的，如果规定的最小排水能力不足以排除水流，则工程师将指令安装至少与规定排水能力相等的额外排水能力。提供和安装额外排水能力的付款将在工程量表3.07／3项中按总价进行支付”。