讨论事业单位聘用合同与企业劳动合同的区别，不是一个简单的合同对比。而是一个需要从多角度、多方位考察的问题。其中既涉及到事业单位与企业的组织性质问题，也涉及到中国特色的管理体制问题，还涉及到公共部门人事制度改革的问题。只有从本质上，全方位地去考察，才能深刻地理解事业单位聘用合同与企业劳动合同的异同。所以，我们就聘用合同与企业劳动合同的区别做出判断之前有必要对上述问题做些分析。
首先，事业单位组织与企业组织上存在差别。在我国，事业单位是与企业、政府机关不同的组织，《民法通则》将事业单位定义为我国四大组织法人之一。1998年国务院颁布的《事业单位登记管理暂行条例》第二条指出：“事业单位是指国家为了社会公益目的，由国家机关举办或者由其他组织利用国家资产举办的，从事教育、科技、文化、卫生等活动的社会服务组织。”这一界定一是指明了事业单位与政府的密切关系，二是表明了事业单位主要从事公共服务。而企业则是依法自主经营，自负盈亏的社会组织。两种组织具体的不同点主要表现在工作职能、组织目标、经费来源、接受监督方式、人力资源管理特点等方面。我们以工作职能和人力资源管理特点为例考察它们之间的不同。
先看工作职能的差别。在我国，事业单位从整体化的组织工作职能上看，是政府公共服务职能的延伸。在我国，一般认为政府具有四大职能，即经济调节、市场监管、社会管理、公共服务。但需要强调的是虽然政府利用公共资源提供公共服务是其义不容辞的责任，但公共事务所具有的广泛性、专业性、复杂性、多变性等特征，使政府组织在现实中直接提供公共服务不太可能实现。一个简单的道理是，人们就医不可能去卫生主管部门，如卫生部或卫生局，受教育也不可能去教育部或教育局。于是，需要成立专业化的组织机构来替代政府完成它的公共服务，满足公共需求的使命。在我国目前阶段，事业单位便是这种专业化的公共服务替代组织。即政府的职能之一是提供公共服务，而事业单位便是公共服务的具体承担者。因此。在工作职能上，事业单位与政府职能具有很强的连带性和相关性。由于事业单位承担着社会公共服务的责任与义务，提供社会公共产品或公共服务，所以，从性质上讲，它属于公共部门范畴。
而从整体化的企业组织来讲，其主要提供具有竞争性和排他性的私人产品。它的职能就是最大限度地生产或提供赢得市场的各种私人产品或服务。
再看在人力资源管理上的表现。企业在人力资源管理上拥有较大的自主管理权。在各个环节上，如岗位设置、招聘、考核、培训、激励、薪酬等方面的管理是根据企业的情况自主决定的。事业单位由于其经费主要来源于公共财政，因此，较之企业，事业单位在人力资源管理的各个环节上拥有的自主管理权限相对较小。换言之，国家对事业单位工作人员的管理具有相对较大的干预权。比如。岗位设置要受到编制管理的影响，薪酬也要受到国家工资计划的影响等。还有一个很大的不同点是，国家有权要求事业单位的工作人员必须履行一定的社会公共责任和义务。这一现象大量地存在于社会生活中，如轮流、对口、定期派遣大量的教师、医务工作者、科技人员前往贫困地区。实施教育、医疗、科技公共服务。当突发某些公共紧急事件时，国家有权要求事业单位工作人员完成各种专业化的，甚至可能会危害健康的处置任务，如对公共卫生事件的处置(“非典”、禽流感等)。因此，从这点上看，企业劳动者的权利与义务基本是对等的，而事业单位工作人员按聘用合同所规定的权利与义务，在实际履行中可能是不对等的，有可能是义务大于权利。
总之，这诸多的不同导致了事业单位与企业的组织性质不同，即事业单位属于公共部门，其人员属于公职人员范畴，受公法调整。而企业一般为私人部门。其劳动者不属于公职人员，受私法调整。
其次．聘用合同与劳动合同是人事制度分类管理的产物。在我国，对社会组织的划分与管理深受管理体制的影响。1994年《劳动法》颁布，同年劳动部下发《关于全面实行劳动合同制的通知》。党的十四大明确提出，要按照机关、企业和事业单位的特点，建立分类管理的人事制度。按照这一改革战略，1999年国家人事部提出要在事业单位推行人员聘用制度。2002年7月，《关于在事业单位试行人员聘用制度意见的通知》的颁布，为全国事业单位推行聘用制提供了政策依据，聘用合同也由此出现。至此。在分类管理原则的指导下，我国企业、事业单位分别建立了各自独立的人事管理制度。聘用合同与劳动合同正是聘用制与劳动合同制的分别体现和标志。
在我国，事业单位属于公共组织。按照国外普遍的做法，类似于我国事业单位组织的工作人员一般都纳入公务员框架进行管理。例如，在经合组织国家(OECD)中，对承担公共服务组织的人员管理，大致可划分为三类：1)公务员体系部分，适用所有的公务员管理控制程序；2)属于公务员系统，但可免除公务员系统的部分控制程序，或比公务员程序灵活；3)不受公务员制度的控制程序约束，但仍在公共部门框架之内。根据我国的国情，没有将事业单位工作人员纳入公务员管理序列，而是采取了政企分开、政事分开。分别建立人事管理制度的做法。事业单位的工作人员虽然属于公职人员范畴，却不适用《公务员法》，而实行聘用制。但在事业单位推行聘用制，并不意味着改变事业单位作为公共部门的属性，也没有免除事业单位公共服务的责任和义务，国家也从来没有放弃对事业单位工作人员必要的人事宏观管理控制权。实际上，聘用制的管理目标在于建立充满生机与活力的用人机制，提高队伍整体素质、增强事业单位活力，更好地提供社会公共产品和公共服务。聘用合同根源于聘用制，作为具体体现这一制度的载体，在其本质上是与其组织目标相一致的。
再次。采用合同管理是公共部门提高绩效的普遍做法。当今世界，如何提高效率、提高公共服务与产品的质量，是世界各国公共部门面临的共同问题。为此，公共部门开始大量借鉴企业或商业部门的管理做法，这已成为一种潮流。上世纪80年代以来。随着新公共管理理念的普及，各国公共部门开始大量引进商业部门的管理方式。其中之一就是对公共部门的人员实行合同管理。例如，在新西兰，政府所有公职人员全部实行合同制管理，各部门首席执行官向部长负责并受聘于国家服务委员会，各部门首席执行官负责管理本部门的所有人、财、物，代表政府与本部门的工作人员(公务员)签订雇佣合同。OECD国家中，如美国、法国以及日本等国，其学校教师均实行聘任制，还规定有严格的执业资格制度、试用期制度、考核制度以及奖惩制度。在加拿大，各级政府、企业、学校出现岗位空缺时，无论职位高低。均采取公开招聘的方式，将拟聘岗位的人数、条件、报酬