京师大学堂与民国初年的北京大学
1898 - 1916
北京大学创建于1898年，初名京师大学堂，是中国近代史上第一所国立综合性大学。
京师大学堂在维新变法运动中诞生。1894年中日甲午战争中国战败，清政府被迫签订丧权辱国的《马关条约》，举国震动。面对列强瓜分中国的严重危机，康有为、梁启超、严复等先进知识分子大声疾呼变法自强，挽救危亡，掀起了维新变法运动。“变法之本，在育人才；人才之兴，在开学校。”改革旧教育，建立新学堂成为变法的第一要务。1896年6月，刑部侍郎李端棻奏《请推广学校折》，提出在京师设立大学堂。1898年6月11日，光绪颁布“明定国是”诏书，正式宣布变法。诏书强调：“京师大学堂为各行省之倡，尤应首先举办。”7月3日，光绪批准了总理衙门上奏的《遵旨筹办京师大学堂并拟开办详细章程折》。章程由梁启超起草，体现了维新派的教育改革思想。章程规定：“各省学堂皆归大学堂统辖”，学堂培养“非常之才”，教学内容应“中西并重”。这是京师大学堂的第一个办学章程，也是中国近代高等教育最早的学制纲要。光绪在批准该章程的同时，派吏部尚书孙家鼐为管理大学堂事务大臣。自此，中国近代第一所由中央政府直接创办的综合性大学正式成立。此时的京师大学堂行使双重职能，既是国家最高学府，又是国家最高教育行政机关。9月21日, 以慈禧太后为首的顽固派发动“戊戌政变”，变法措施几乎全被废除，唯大学堂因“为培植人才之地”得以保留，但原订的办学方针和学校规模均难以实现：12月31日，大学堂开学，原拟招生500人，实际仅设一招收进士、举人的仕学院，兼寓中小学堂共录取学生160余人；课程只设诗、书、易、礼四堂和春、秋两堂。第二年学生增加到200余人，中西并学，除经史外，开设算学、格致、化学及英文、德文、法文、俄文、日文等普通课程，另立史学、地理、政治专门讲堂。此为中国近代国立大学教育的开端。
新生的大学堂旋遭劫难。1900年5月，义和团运动进入高潮，大学堂受到冲击。8月，八国联军侵入北京，大学堂被俄、德侵略军盘踞，遭严重破坏、被迫停办。1902年1月，清廷下令恢复京师大学堂，任命吏部尚书张百熙为管学大臣。张百熙悉心办学，对大学堂的恢复和发展卓有功绩。1902年12月17日，京师大学堂速成科的师范馆和仕学馆举行了隆重的开学典礼。同年，设藏书楼，这是中国最早的近代大学图书馆。张百熙主持制定了一套从小学到大学的学堂章程，1902年8月颁行各省，称《钦定学堂章程》。这是中国近代史上第一个由政府正式颁布的学制系统，其中的《钦定大学堂章程》是京师大学堂的第二个办学章程，明确规定办学宗旨为“激发忠爱，开通智慧，振兴实业”，“端正趋向，造就通才”。1904年1月，清廷又颁布《奏定学堂章程》，其中的《大学堂章程》是京师大学堂的第三个办学章程。同时，清政府设学务大臣，统辖全国学务，京师大学堂设总监督，专管大学堂事务，张亨嘉为首任总监督。1905年12月清廷设学部，为中央教育行政机关，京师大学堂直属学部。
大学堂恢复后，先后设立了一系列学馆，开办了分科大学，为中国近代高等教育的专业系科奠定了基础。1902年开办的师范馆为中国最早培养教师人才的机构，1904年改为优级师范科，1908年改为优级师范学堂。1902年开办的仕学馆专为“培养官才”；翌年清廷设进士馆，招收新科进士百余名，1904年仕学馆并入进士馆。1905年废除科举制度后，进士馆失去存在的必要，于1907年改为法政学堂。1902年同文馆并入大学堂，次年改立译学馆，设英、法、俄、德、日等语言文字专科，培养翻译外交人才，1911年停办。1903年开办医学实业馆，1905年改为医学馆，分医学和诊治两部分，1906年改为京师专门医学堂。1904年设立的预备科，为开办大学分科准备了生源。1907年设立博物实习科，分制作标本、模型和图画三类。1905年至1907年，大学堂举行了三届体育运动会，开近代高等教育重视体育教育之风气。1903年，大学堂选拔47名学生，派往日本和欧美留学，这是大学堂的第一批留学生。1910年3月31日，京师大学堂分科大学举行开学典礼。共开办经科、法政科、文科、格致科、农科、工程科、商科七个分科大学，一所近代意义的综合大学初具规模。
京师大学堂是在中华民族危机空前加剧的历史背景下建立的，从诞生之日起，就与国家和民族的命运息息相关。1903年4月30日，大学堂学生“鸣钟上堂”举行集会，声讨沙俄侵占中国东北的罪行，谴责清政府妥协投降，要求拒约抗俄。会后起草了《拒俄书》和《争俄约疏》。京师大学堂学生投身拒俄运动，是北京大学也是中国近代高等学校第一次反帝爱国学生运动。
1911年辛亥革命爆发，推翻了清王朝的统治，结束了两千多年的封建专制制度。1912年1月1日，中华民国建立，5月3日民国政府颁令京师大学堂改称北京大学校，总监督改称大学校校长。著名学者严复出任北大首任校长。严复力图按照近代学术体系和世界高等教育通行模式来整顿学校课程，将“经科”并入“文科”，将“格致科”改为“理科”，积极开设介绍西方新学的课程，重新聘用教职员，规定教员必须专职教学。在学校初显起色之时，7月，教育部以经费困难等为由，欲停办北大。严复即向教育部写了《论北京大学校不可停办说帖》和《分科大学改良办法说帖》，申述北京大学不应停办的理由，强调大学具有“保存一切高尚之学术，以崇国家之文化”的使命，“理应兼收并蓄，广纳众流，以成其大”。在北大师生和社会各界的强烈反对下，当局放弃停办北大。当年10月，严复辞去北大校长职务。此后相继由章士钊（未到任，由马良代理）、何燏时、胡仁源任校长。1913年9月，教育部又令北大并入天津北洋大学。何燏时校长呈文反对，北大毕业同学会也上书大总统申述，迫使当局收回成命。
1913年春，北大招收了民国成立后的第一批预科新生200余人。11月大学分科的旧班学生226人毕业，这是北大历史上第一批本科毕业生。1914年胡仁源校长制定《北京大学计划书》，提出扩招新生、改进教学法、编写教材和讲授要目、添购教学设备、整理图书等措施。学校规模扩大，一批知名教授聚集北大，文科有陈黻宸、黄侃、朱希祖、陈汉章、辜鸿铭、林琴南、马叙伦、钱玄同、沈尹默、马裕藻等；理科有夏元瑮、胡濬济等；法科有陶履恭、张耀曾等；工科有温宗禹、孙瑞林等。冯祖荀、何育杰、俞同奎等京师大学堂首批派出留学生，学成后回母校任教，开设现代数、理、化课程，成为这些新学科的奠基人。为适应北大发展的需要，1916年，学校借款在汉花园（今沙滩）兴建新楼，于1918年8月落成，这就是著名的北大红楼。
五四前后的北京大学
1916 - 1927
1916年12月，著名教育家、思想家、民主主义革命家蔡元培出任北京大学校长，对北大进行了卓有成效的改革。众多革新人物和学术大师云集北大，倡导民主与科学精神，弘扬爱国与进步思想，促进新思潮的传播和学术的繁荣，使北大成为新文化运动的中心，五四运动的发祥地，传播马克思主义和创建北方地区中国共产党组织的最初基地。这是北大发展史上一个辉煌时期，奠定了北大的光荣革命传统和优良学术传统。
蔡元培认为“大学者，囊括大典罗网众家之学府也”，提出“思想自由，兼容并包”的办学方针，就任校长后，不拘一格，延揽名师，聘请新文化运动的精神领袖陈独秀任文科学长，最早介绍爱因斯坦相对论到中国的夏元瑮任理科学长。蔡元培主张民主办学，教授治校，改革领导体制，设立相应的管理机构：评议会为学校最高立法和权力机构，由校长、各科学长和教授代表组成；行政会议为学校最高执行机构，由各专门委员会的委员长和教务长、总务长组成，成员为教授，校长兼行政会议议长；教务会议和教务处负责学校教学事宜，由各系主任组成，教务长由各系教授会推选；总务处负责全校的人事和财务，总务长由校长委任。
蔡元培致力于把北大办成以文理科为重点的综合大学。他从改革文科入手，扩充文理两科，增设史学、地质两门，将商科并入法科，工科并入北洋大学。1919年撤销文、理、法科的设置， “废门改系”，先设数学、物理学、化学、地质学、哲学、史学、中国文学、英国文学、法国文学、德国文学、俄国文学、经济学、政治学和法律学等14个学系，后又增设教育学、东方学、生物学、心理学4个学系。开设了新闻学、政治学、唯物史观、逻辑学、美学、考古学等新课。预科学制由3年改为2年，本科由3年改为4年。实行选科制和旁听生制。提倡美育，重视体育，促进德、智、体、美四育全面发展。1920年北大开始招收女生，开中国国立大学男女同校之先河。
蔡元培认为大学应是研究高深学问的机关，，采取了一系列措施提升北大的科研水准。其一，创办研究所，培养研究生。1917年底，北大成立了文、理、法三科研究所，为当时中国高校最早成立的学术研究机构。1918年初，各研究所共有研究员（即研究生）148人，另有通讯研究员32人。1921年12月，合并三科研究所，拟在研究所下设自然科学、社会科学、国学和外国文学四门。因经费所限，1922年1月只成立了研究所国学门，沈兼士任主任。国学门先后设立了歌谣研究会、明清史料整理会、考古学会、方言调查会、风俗调查会等。其二，创办学术刊物，促进学术研究。1917年11月，创办《北京大学日刊》，刊载学校重要纪事，兼载文艺、学术稿件。1918年9月出版《北京大学月刊》，系中国大学最早的学报。另外如《自然科学季刊》、《社会科学季刊》、《国学季刊》等刊物均颇负盛名，有力地推动了师生的学术研究。其三，聘请外国学者，开展学术交流。北大先后聘请了美国的杜威、英国的罗素、法国的班乐卫及量子力学创立人普朗克等学术大师来校讲学，还聘请校内外著名专家举办各种讲座，繁荣学术活动。其四，扶植社团活动，鼓励学术争鸣。五四前后，各种社团纷纷成立，影响较大的有“雄辩会”、“进德会”、“新潮社”、“国民杂志社”、“马克思学说研究会”、“新闻学研究会”、“社会主义研究会”、“平民教育演讲团”、“哲学研究会”及“音乐研究会”等，这些社团、学会大多有自己的刊物，其中《新潮》、《国民》、《少年中国》、《新闻周刊》、《国故》、《数理杂志》、《音乐杂志》等在社会上有较大影响。
经过改革，北大“学风丕振，声誉日隆”，师生人数顿增。据1918年统计，当时有教职员217人，其中教授90人；学生1980人，其中研究生148人。在良好的学术环境中，一大批优秀人才脱颖而出，各学科领域中的开山之作先后问世。胡适著《中国哲学史大纲》（上卷），是中国第一部系统地用新学术观点和方法写成的中国古代哲学史。孙云铸著《中国北部寒武纪动物化石》，是中国学者的第一部古生物学专著。徐宝璜著《新闻学》，被蔡元培誉为新闻界的“破天荒之作”。
1915年，陈独秀在上海创办《青年杂志》（次年改名《新青年》），在创刊号上发表《敬告青年》一文，鲜明地提出了民主与科学口号，揭开了新文化运动序幕。1917年陈独秀受聘北大，《新青年》随迁北京。北大文科教授胡适、钱玄同、刘半农、李大钊、鲁迅、沈尹默、高一涵等参加编辑工作，形成了以《新青年》为核心的强大革新营垒。1917年1月，胡适在《新青年》发表《文学改良刍议》，是新文学运动的第一篇重要文章。2月，陈独秀在《新青年》发表《文学革命论》，举起文学革命的旗帜。1918年8月，鲁迅在《新青年》发表第一篇白话小说《狂人日记》，引起思想文化界的强烈反响。之后鲁迅又陆续发表《孔乙己》、《药》等白话小说，奠定中国现代文学的基石。陈独秀和李大钊创办的《每周评论》和由北大学生创办的《新潮》、《国民》等刊物，在批判旧思想旧文化，宣传新思想新文化方面也产生了巨大影响。新文化运动是一场前所未有的启蒙运动和空前深刻的思想解放运动，为五四运动作了思想准备。北大是新文化运动的中心。
1919年第一次世界大战结束，在巴黎召开和会，中国作为战胜国出席，但列强竟把战败国德国原在山东攫取的特权转让日本，北洋政府密令中国代表团在“和约”上签字。消息传来，北大学生义愤填膺，约集各校学生代表在北大西斋紧急开会，商量对策。5月3日晚，在三院礼堂召开学生大会，出席大会的还有北京高师等12所大专学校代表。北大法科学生廖书仓主持大会，谢绍敏当场咬破中指，撕下衣襟，血书“还我青岛”，学生们争相演说，声泪惧下。大会决议，把原订5月7日的国耻纪念日游行提前举行。在北大学生的发起组织下，5月4日，北京各大专学校3000余人齐集天安门举行学界大示威，震惊中外的五四运动爆发了。北大学生傅斯年担任学生游行队伍总指挥，在天安门集会上宣读了北大学生许德珩起草的《北京学生界宣言》。在游行途中散发了北大学生罗家伦起草的《北京全体学界宣言》，宣言疾呼：“现在日本在万国和会要求吞并青岛，管理山东一切权利，……中国的领土破坏，中国就亡了，……务望全国工商各界一律起来设法开国民大会，外争主权，内除国贼。中国存亡就在此一举了。”游行学生激于义愤，到赵家楼胡同，火烧卖国贼曹汝霖住宅，痛打卖国贼章宗祥。北洋政府派出军警镇压,32名学生被捕。5月5日，北大等高校开始罢课，蔡元培等各校校长极力营救被捕学生。两天后，政府释放被捕学生，但对学生的政治要求不予理睬，且逼走了同情爱国学生的北大校长蔡元培。5月19日，北京学生宣布总罢课，分赴市内街巷演讲宣传。6月1日，政府下令取缔学生的一切反帝行动。6月3日、4日，逮捕学生上千人。学生的爱国行动遭到军阀政府残暴镇压，激起全国人民义愤，上海等各大城市掀起工人罢工、商人罢市、学生罢课的斗争高潮。在“三罢”斗争压力下，北京政府罢免了曹汝霖、陆宗舆、章宗祥的职务，并拒签《巴黎和约》。五四运动取得了伟大胜利。五四运动是彻底的不妥协的反帝反封建爱国运动，推动中国旧民主主义革命转变为新民主主义革命，具有划时代意义。北大作为五四运动的发祥地，在中国历史上写下了光辉的一页。
五四运动促进了马克思主义的广泛传播。北大教授李大钊在中国第一个举起马克思主义旗帜，系统接受、传播和实践马克思主义。继1918年发表《Bolshevism的胜利》后，1919年他在《新青年》上发表《我的马克思主义观》，全面阐述马克思理论。他把马克思主义理论正式列入课程，组织指导“马克思学说研究会”等进步社团。在他的影响下，邓中夏、毛泽东、高君宇等一批青年马克思主义者成长起来，北大成为研究和传播马克思主义的中心。1920年8月，陈独秀在上海组建了中国共产党第一个小组。10月，北京共产党小组在北大红楼李大钊办公室成立，11月改为共产党北京支部，成员几乎都是北大师生。中共“一大”前，在全国8个地区建立了党组织，其中有6个地方党组织的负责人是北大师生和校友；全国53名党员中有北大师生和校友21人；1921年7月出席中共“一大”的13名代表中有北大师生和校友5人。从此可见北大在建党初期的重要贡献。
北京政府摧残教育，拖欠教育经费和教职员薪水，致使各高校陷入窘困。1921年3月15日，北京国立八校成立“教职员代表联席会议”，决定开展索薪斗争。这场事关教育命脉的维系和广大教职员生存的斗争持续多年。
1926年3月18日，北大、师大、燕大等校和二百多个社会团体数万人，汇集天安门举行国民示威大会，抗议日本帝国主义炮击大沽口和所谓“八国通牒”。会后两千多人组成的请愿团前往执政府请愿，竟遭段祺瑞执政府卫队的枪击镇压，是为震惊中外的“三·一八”惨案。北大师生在反帝反封建的斗争中一直站在前列。正如鲁迅在《我观北大》一文中所说：“惟据近七、八年的事实看来，第一，北大是常为新的，改进的运动的先峰，要使中国向着好的，往上的道路走。……第二，北大是常与黑暗势力抗战的，即使只有自己。”
三十年代的北京大学
1927 - 1937
1927至1929年，北京大学处于动荡之中。奉系军阀攫取北京政权后，实行恐怖统治，悍然杀害了北大教授李大钊等人，把具有民主传统的北京大学视为眼中钉，1927年8月颁令将北京大学与北京其他国立八校合并组成国立京师大学校。1928年6月，国民党军队进入北京，奉系军阀退出关外，北大师生开展复校斗争，发表《北大宣言》：“我们北京大学受军阀恶势力的摧残已经整整一年了。……但是我们时时刻刻忘不了我们的北京大学。北大固有的精神仍卓然存在。”然而南京国民政府先是决定将京师大学校改称中华大学，后又把中华大学改为北平大学，隶属北平大学区。北大师生坚决反对，组织复校委员会，阻止当局以武力接收北大。1929年初，国民政府教育部作出让步，把北大定名为国立北平大学北大学院，北大组织不变，对外仍可译为北京大学。北大在被迫停课9个月之后，于3月11日开学复课。6月，国民政府停止实行大学区制，8月，正式恢复国立北京大学校名。复校斗争取得胜利。
1930年12月，蒋梦麟出任北大校长,提出“教授治学、学生求学、职员治事、校长治校”十六字方针，改评议会为校务委员会，作为学校大政方针的决策机构，另设行政会议和教务会议，学校的管理更趋规范。1932年6月公布了《国立北京大学组织大纲》，实行学院制，改文、理、法三科为文、理、法三个学院，胡适、刘树杞、周炳琳分任院长。下设14个学系：文学院有哲学系、史学系、中国文学系、外国语文学系（包括英、法、德、日四组）、教育学系；理学院有数学系、物理学系、化学系、地质学系、生物学系、心理学系；法学院有法律学系、政治学系、经济学系。对教师队伍进行整顿，延揽国内一流学者，实行教授专任制，北大的教学和科研得以较快发展。1932年制定了《国立北京大学学则》，实行学分制，要求学生具有文、理方面基本知识，文学院一年级开设必修课“科学概论”，理学院一年级开设必修课“国文”。据1935年统计，全校开设课程288门。这一时期，虽然国民党政府推行的“党化”政治日趋加强，但北大仍保留“五四”以来开设的部分社会科学理论课，如“马克思学说研究”、“马克思经济学说”、“唯物主义与教育”等。1932年，成立研究院，下设三部：原研究所国学门改为文史部，增设自然科学部和社会科学部。1934年又将三部改为文科、理科、法科三个研究所。研究生入学考试、论文答辩等制度日臻规范。
1931年7月，北京大学与中华教育文化基金会设立合作研究特款，用于购买图书、仪器，资助建筑设施，设立研究教授（先后聘请研究教授29人），举办学术讲座，设立助学金及奖学金。这笔经费对北大教学和研究起到了促进作用。1935年北大兴建了新的图书馆，可藏书30万册，设有500个座位。理科各系的教学科研设施也得到了改善。著名地质学家李四光于1931年至1937年担任北大地质学系主任，对北大地质学建设和中国地质科学事业的发展作出重要贡献。在他主持下新建了地质馆，设立了矿物、古生物学等实验室，开辟了地质陈列室和研究室。颜任光教授主持物理学系后，建立了普通物理、专门物理等十多个实验室，成为当时国内同类专业中设备较齐全的系。1936年新建了宿舍灰楼，改善了学生的住宿条件。开展对外学术交流，先后邀请哈佛大学教授威尔逊，伦敦大学教授斯密斯，巴黎大学教授郎之万，以及在量子力学创立和诠释方面作出伟大贡献的丹麦著名物理学家尼尔斯·玻尔来校讲学。这段时期具有代表性的科研成果有：李四光的《关于第四纪中国及东亚气候之讨论》等论著奠定了中国第四纪冰川研究的基础；丁文江与葛利普合作的《中国二叠纪及其二叠纪分层之意义》等论文曾在华盛顿第十六次国际地质学会上宣读；另有饶毓泰、曾昭抡、孙承谔在物理学、化学领域的成果引起国内外学术界的重视。文科和法科也出版了一批有影响的学术论著。
这一时期，日本帝国主义加紧对华侵略，北大师生积极投入抗日救亡运动。“九·一八”事变爆发后，北大学生会立即发出抗日通电，呼吁“速息内战，一致抗日”。1931年12月1日，230余名学生组织南下示威团，赴南京向蒋介石示威，发表《告全国民众书》，要求政府“立即收回东北失地”，“立即全国总动员对日本绝交”。1935年12月，华北危在旦夕，清华、燕大、北大等北京大专院校和东北大学师生，在中国共产党领导下，掀起抗日救亡高潮。12月9日，爱国学生冲破军警封锁，从四面八方汇集到新华门前示威，向当局提出反对“防共自治”，公布中日交涉经过，保障地方领土安全，停止一切内战，给予言论、集会、结社、出版自由等六项要求。会后示威游行队伍遭军警镇压，30多人被捕，100多人受伤。北大学生返校后，召开全体大会，通过总罢课决议。12月16日，为反对冀察政务委员会的成立，市学联组织全市学生游行示威，北大负责率领第三大队2000多人，冲破阻拦，到达天桥与清华、燕大等20余校同学汇集，举行市民大会，北平各界群众和东北流亡同胞纷纷自动参加，与会者达3万余人。大会发表了《告民众书》，通过了“不承认冀察政务委员会”、“收复东北失地”等决议案。会后，学生和市民组成的游行队伍进行总示威。“一二·九”运动促进了中华民族的觉醒，标志着中国人民抗日民主运动新高潮的到来。运动后期，平津学联组织了南下扩大宣传团。北大负责的第一团到河北固安、任丘、霸县、保定一线，步行700余里，开展抗日救亡宣传，并发起成立“民族解放先锋队”。返回北平后，与第三团倡议成立的“中国青年救亡先锋团”合并，于1936年2月1日正式成立了“中华民族解放先锋队”，在北京郊区开展多种形式的抗日救亡宣传。“七七事变”爆发后，北大民先队队员奔赴延安或抗日根据地的有60余人，为民族解放和革命胜利作出了贡献。
西南联合大学时期的北京大学
1937 - 1946
1937年7月7日，卢沟桥事变爆发。月底，北平、天津相继陷落。9月，奉教育部令，北京大学与清华大学、南开大学南迁至湘，合组长沙临时大学。北大校长蒋梦麟、清华校长梅贻琦、南开校长张伯苓为临时大学筹备委员会常务委员，组成常委会主持校务。长沙临大在战乱中仓促组建，校舍或租或借，所需经费、图书资料、仪器设备严重不足，但三校师生克服困难，通力合作，于11月1日开始上课。临大设有17个学系，有教师148人，其中北大55人。至11月20日，原三校学生报到1120人（其中北大342人），连同招收的新生、借读生共1452人。
1937年12月13日，南京陷落，日军空袭长沙的次数增加。1938年1月，国民政府批准临时大学再迁云南昆明。2月，全校师生分三路赴滇，其中一路由300余名师生组成湘黔滇旅行团，徒步赴滇。师生们在旅途中顶风冒雨，翻山越岭，沿途进行抗日宣传，开展社会调查，了解民俗风情，搜集民歌民谣，采集教研标本，同时也饱览了祖国的大好河山，磨练了身体和意志。所经各地，受到当地民众的热情迎送。旅行团横跨湘黔滇三省，行程1600余公里，其中步行1300公里，历时68天，于1938年4月28日平安抵达昆明，创造了中国高等教育史上的奇迹。
1938年4月2日，长沙临时大学更名为国立西南联合大学。学校迁昆后首先面临校舍问题，在云南省和昆明市各界的大力协助下，租到昆华农业学校用作理学院校舍，拓东路的三个会馆及盐行仓库用作工学院校舍。由于昆明校舍不敷使用，文法学院设在云南蒙自县，成立蒙自分校，8月底分校撤销。蒙自师生返昆后，又逢增设师范学院，校舍更加紧张，遂又租借了昆华师范学校、昆华工业学校、昆华中学等校校舍。西南联大新校舍于1939年4月建成，位于昆明市西北郊三分寺，占地120余亩，除图书馆和两座食堂为砖木结构的瓦房外，其余均为铁皮或茅草为顶的土坯平房。1940年7月，日本侵略军攻占安南（越南），云南成为前线，局势日益紧张。根据教育部应作万一准备的指示，学校在四川叙永县成立分校，一年级及先修班在此上课，1941年1月6日开学，8月叙永分校撤销，迁返昆明本校。联大设有文、理、法商、工、师范5个学院，26个系，2个专修科和1个先修班。1939年5月，三校研究院相继在昆明恢复，北大研究院下设文科、理科、法科三个研究所。
战时的办学条件异常艰苦。图书馆的书架是用木包装箱堆垒而成，藏书仅几万册。图书馆座位紧张时，有些同学就到街上的茶馆去，不仅可以读书、讨论，还可以解决喝水问题。“联大学生泡茶馆”成为战时昆明的独特景致。实验设备短缺，教员经常动手制作，因陋就简，以应急需。由于物价不断上涨，师生生活日趋困难。自抗战以来至1943年，昆明物价上涨了300倍，联大教职员的薪金却只增加了5倍。为了生计，教师不得不到其他学校兼课，甚至廉价出售书籍、衣物等，同学则利用课余时间到校外兼差。条件虽然艰苦，师生却对抗战胜利充满信心，弦歌不辍，勤奋教学。
在空前的国难面前，西南联大以“刚毅坚卓”的精神，和衷共济，艰难办学。联大集中了三校著名教授、学者，师资力量雄厚。文科多兼通中西的学者，理工科既有若干基础学科和工程技术学科的开创者和奠基人，又有抗战前后留学归国的一些青年教授，均具有较高的教学水平和学术水准。联大教师不但学术造诣精深，而且具有很强的敬业精神。如周培源、吴大猷等教授居住在离学校数十里远的郊区，为保证学生的听课效果，从不采取连续数小时集中授课的方式，一门3学分的课程，他们不惜数小时的路途往返，坚持每周三次来校授课。联大十分注重学生的基础训练和实验实习等环节，知名教授亲自讲授基础课和必修课。教学管理亦非常严格。学校规定，不及格的课程不许补考，学分记为零分。如果必修课不及格，必须在下一学年重读，如隔一学年再读，即使及格也不计学分。学校还十分重视学生动手能力的培养，如化学系的定量分析实验，实验数据达不到一定的精度，必须连夜重做。这种严谨的教学作风，不仅为学生奠定了扎实的知识基础，也培育了良好的学风。联大教师教学与科研并重，在图书资料、仪器设备极其缺乏，出版条件很差的情况下，仍坚持进行科学研究，撰写了很多高水准的学术论著，有多项在1941年至1945年教育部举办的五届学术评议活动中获奖。其中获一等奖的有：《堆垒素数论》（华罗庚）、《湍流论》（周培源）、《多原子分子振动光谱与结构》（吴大猷）、《新理学》（冯友兰）、《汉魏两晋南北朝佛教史》（汤用彤）、《唐代政治史述论稿》（陈寅恪）等，占一等奖总数的40%。
西南联大以在艰难条件下培养优等人才著称于世。创校九年来，共有在校生约8000人，其中本专科、研究生毕业3882人。在他们中间，后被评为中国科学院、中国工程院和外籍院士的有90人；在国家授予“两弹一星功勋奖章”的23位科学家中有6位是联大学生；3人获“国家最高科学技术奖”；2人获“诺贝尔物理学奖”。他们对国家的建设发展和人类的科学事业做出了突出贡献。在紧张的课堂学习之余，众多的社团组织开展了生动活泼、形式多样的活动，对于提高学生文化素养，锻炼活动能力起到了积极作用。
联大同学为抗日救国踊跃参军，曾有三次较大规模的参军活动。先后有1100多人投笔从戎，约占学生总数的14%，其中何懋勋（何方）、黄维、缪弘等15人在抗日战争中以身殉国。此后还有齐亮、刘国誌、荣世正等14位烈士在解放战争和建国初期巩固政权的斗争中捐躯。他们是国家民族的骄傲，也是西南联大的光荣。
抗日战争胜利后，人民期盼已久的和平终于可以来临，而蒋介石政府却坚持独裁和内战，共产党顺应民意发出“全国人民动员起来，用一切方法制止内战”的号召。西南联大、云南大学等校的学生自治会于1945年11月25日联合举办反内战时事晚会，遭国民党军队鸣枪威胁。12月1日，武装军人和暴徒分别袭击西南联大新校舍和师范学院，投掷石块和手榴弹，联大师院专修科学生潘琰（女）、李鲁连、南菁中学教员于再和昆华工校学生张华昌遇难，50多名学生受伤。蒋介石政府一手制造的“一二·一”惨案，激起了师生极大的愤怒，他们举行抗议大会，得到全国近20个城市各界人士的声援。在中共地下组织的领导下，昆明学生与反动派进行了针锋相对的斗争，揭开了解放战争第二条战线的序幕。
“神京复，还燕碣。”抗战胜利后，组成联大的三校复员北返平津，但由于交通紧张，三校在平津的校舍也须修缮，联大在昆明又续办一年。1946年5月4日，西南联合大学举行结业典礼，正式宣告结束。师范学院继续留昆办学，1946年8月更名为国立昆明师范学院（今云南师范大学）。西南联合大学光荣地完成了战时大学的历史使命，“内树学术自由之规模，外来民主堡垒之称号”，谱写了中国教育史上的光辉篇章。
复员后的北京大学
1946－1949
复员后的北京大学迁回北平原校址。1946年7月，新任校长胡适（蒋梦麟辞去北大校长职务后，1945年9月由胡适接替，胡适到任前由傅斯年代行）宣布北大重要教职员人选。1946年7、8月，北大奉教育部令先后接收了北平临时大学补习班一至四分班及第六分班，1947年8月，北洋大学北平部并入北京大学。为安置北返的师生和临大补习班的学生，扩大校舍迫在眉睫。经多方奔走，争取到改建后的相公府、东厂胡同的黎元洪故居、旧国会大厦等多处房舍，扩充后的校舍分散在城区和郊区，达40处之多。与此同时，学校还延聘了王竹泉、钱思亮、杨钟健、袁翰青、季羡林、马坚、庄圻泰等一批知名教授。经过紧张筹备，北京大学于1946年10月10日在四院大礼堂隆重举行复员北平开学典礼。复员后，北京大学以“研究高深学术，养成专门人才，陶融健全品格”为职志，在原有文、理、法三个学院的基础上，增设医、农、工三个学院，计有6个学院，33个系，2个专修科；又相继设立了文科、理科、法科、医学研究所并招收研究生。设教务处、秘书处、训导处等行政机构，另有行政会议、校务会议、教务会议及教授会，分别行使各自职能。至1946年12月中旬，注册学生为3420人，其中西南联大分发564人，临大补习班学生1562人，新生445人，先修班学生433人，另有复学等方式入学学生416人。1947学年度第一学期有研究生58人，第二学期45人。在学制方面，多数系别的本科为4年，工科、农科及药学系为5年，牙医学系6年，医学系7年；研究生学制通常为2年。
师生们对复校满怀希望。文学院明确提出“复校计划即复兴计划”。校方也曾极富前瞻性地考虑广罗研究原子能的一流学者，把北大物理系建成原子物理的研究中心，以追赶世界先进水平。种种良好设想，却因国民党政府坚持独裁和内战、社会动荡、办学经费匮乏等原因而无法实施。在艰难环境下，广大教职员工仍坚守岗位，在教学上新开设了一些前沿性或基础性的课程，如地质学系增开X光结晶学、古植物学、人类古生物学和中国地质问题讨论等课程，化学系增开微量化学等课程，中文系增开现代文学史等课程，其中某些新课在全国也是首创。医学院的附属医院达到相当规模；农学院的附属农场有几百顷土地，成为师生进行教学、实习、试验的重要基地。各院所还尽力开展科学研究工作，取得了一定成果。1946年，医学院钟惠澜教授和翁心植住院总医师首次发现了中国第一例亚热带家族性Gaucher病，开辟了中国热带病研究的先河。1947年，在中国数学会平津分会成立大会上，北大教师提供的论文成果占大会论文总数的60％；同时召开的中国物理学会北平分会成立大会上，北大教师提供的论文成果也占大会所收论文总数的五分之一强。时在学界享有盛誉的北大地质研究所还对云南地层古生物材料、华北大型构造、华南更新世洞穴沉积中之动物群等进行系统研究，在1948年伦敦召开的第18次国际地质学会上，北大教授的学术论文《太平洋—早期古生物演化的主要中心》得到与会者的一致肯定。这一时期各院所教员撰写的学术论文比较集中地汇集在《国立北京大学五十周年纪念论文集》中。
抗战胜利后，国民党政府在美帝国主义的支持下，又将中国人民推到内战的灾难中，并对统治区实行白色恐怖，中国社会处于黎明前最黑暗的时期。北大师生在中共地下党的领导下，继承和发扬“五四”精神，同黑暗势力进行了不屈抗争。1946年12月24日傍晚，北京大学先修班女生沈崇在东单广场遭美军士兵强奸，激起北大师生乃至全国人民的愤怒，“抗暴运动”骤起，全国共有50多万学生参加示威游行。国民党倾其全力打内战，造成通货膨胀，1947年3月后的三个月间，玉米价格竟然上涨8倍，广大师生陷于贫困饥饿之中，有的学生被迫停学。1947年5月，北大学生率先喊出“反饥饿反内战”的口号。5月20日，爆发了有大、中学学生参加的“华北学生北平区反饥饿反内战大游行”，游行队伍回到北大后召开大会，议决将北大红楼大操场命名为“民主广场”。毛泽东在5月30日指出：“蒋介石进犯军和人民解放军的战争，这是第一条战线。现在又出现了第二条战线，这就是伟大的正义的学生运动和蒋介石反动政府之间的尖锐斗争。”1948年3月29日，北大学生在民主广场举行纪念黄花岗烈士讲演大会，会间军警宪特5000多人突然包围北大，在北大三院门口及红楼对面架起机枪，但师生们不畏强暴，讲演继续进行。4月3日，北大、清华等校学生为抗议反动政府查禁“华北学联”等行径，宣布罢课，与高校教职工为改善贫困生活状态而进行的罢教、罢职、罢研、罢诊、罢工斗争汇合一处，形成反迫害反饥饿运动的高潮。5月30日，北大等11校学生召开“华北学生反对美国扶植日本纪念五卅大会”，并于6月9日组织“反对美国扶植日本”大游行。8月，国民党政府因战场上的溃败，对青年学生实行了更加严酷的控制，“特种刑事法庭”于19、20日连发传票，拘传学生324人，其中北大学生93人。19至24日，2000多名反动军警包围北大沙滩校舍，同学们喊出“一人被捕，全体坐牢”的口号。在反迫害斗争中，大多数教授坚决支持学生，积极掩护被拘传的学生转移撤退。
1948年11月，人民解放军包围北平。围城前后，当局企图将北大南迁。师生开展“护校运动”，11月24日，学校教授会通过不迁校的决议。南迁阴谋不遂，国民党政府又策划裹卷北大行政负责人、中央研究院院士、学术上有成就的专家教授离平南下，12月11日后数十次给北大发函电催促，16日曾派飞机来接，却“无人到机场”。在国家民族命运的决战关头，北大广大师生坚定地站在进步势力一翼。12月15日，校长胡适离平南去，学校校务由郑天挺、汤用彤、周炳琳3人主持。全校师生紧密团结，满怀信心迎接解放。
新中国成立后十七年的北京大学
1949 - 1966
1949年10月1日，中华人民共和国成立，北京大学步入新纪元。
1949年1月31日，北平和平解放。2月28日，北平军事管制委员会文化接管委员会正式接管北大。5月4日，北大成立校务委员会成立，汤用彤任主席。1951年6月，马寅初出任新中国成立后的第一任校长。1956年6月，学校开始实行党委领导下的分工负责制，江隆基任第一书记。1957年10月，陆平任校党委第一书记，并于1960年3月起兼任校长。1962年2月，北京大学的领导体制明确为党委领导下的以校长为首的校务委员会负责制。
党和政府殷切关怀北大。从1949年4月到1950年4月的短短一年中，毛泽东主席就曾3次致信北大，“庆祝北大的进步”，并为北大题写校名。自1949年至1961年，周恩来总理曾5次亲临北大。朱德、邓小平等党和国家领导人都曾到北大视察工作。
解放初期，国家对高等院校进行调整。北大农学院与清华大学农学院、华北大学农学院合组北京农业大学；北大医学院划归卫生部管辖，成为独立的北京医学院；北大工学院并入清华大学；清华大学的文、理、法三学院及燕京大学的文、理、法各系并入北京大学（实际执行中北大法学院中的法律学系、政治学系调整到北京政法学院，地质学系调整到北京地质学院）；燕京大学撤消，北大由城内沙滩等处迁至原燕京大学校址。院系调整后，北京大学共有12个系：数学力学系、物理学系、化学系、生物学系、地质地理学系、中国语言文学系、历史学系、哲学系、经济学系、东方语言文学系、西方语言文学系、俄罗斯语言文学系；校、院、系三级体制改为校、系两级管理体制；从原先拥有文、理、法、医、工、农等6个学院的大学变成一所主要从事自然科学、人文社会科学基础学科教学和研究的综合性大学。院系调整使一批著名学者云集北大。至1952年11月，北大有教学人员546人，其中教授级170人，副教授级48人，高级职称占40%。1955年国务院批准的中国科学院首批学部委员（院士）223人中，28人是北大的在任教师（文科11人、理科17人），其人数之多，比例之大，均居全国高校之首。为适应国家建设和发展的要求，北大于1954年、1956年恢复和重建了法律学系、图书馆学系；1958年将物理研究室扩建为中国第一个原子能系，并将物理学系分成物理学、地球物理学、无线电电子学3个系；1960年重建政治学系。北大还成立了一批研究机构，如外国哲学研究所、亚非研究所、理论物理研究室、半导体物理研究室、物理化学及胶体化学研究室等。
建国伊始，北京大学本着“坚决改造，逐步实施”的原则，对学校的培养目标、管理体制和教学工作进行全面改造。废除了国民党统治时期的部分旧课程，增开“新民主主义论”、“辨证唯物论和历史唯物论”、“政治经济学”等适应新时代的课程，到1950年3月，全校共计停开课程77门，新开课程100门，新社会的课程体系基本构建。北大还先后成立和加强了教学研究指导组和教学研究室，到1956年，教研室已达83个。从1952年到1957年，北大聘请了36位苏联专家，他们帮助开出41门新课程，并设立了某些“专门化”，培养了一批研究生和青年教师。北大的本科学制在这段时间发生过几次重大变化：院系调整后，各专业的学制定为4年；自1953年新生开始，数学、物理、历史三个专业试行5年制；自1955-1956学年第一学期开始，各系（东语系除外）均改为5年制；1960年，理科自1956级学生起改为6年制。
根据1953年全国综合大学会议提出的“综合大学是一个教育机构，同时也是一个研究机构” 的要求，北大进一步加强科学研究。1956年8月，国家制定了《1956―1967年科学技术发展远景规划纲要》，将计算技术、无线电技术、核科学、喷气技术、半导体和自动化列为优先发展学科，北京大学为此做出突出贡献。早在1955年，国务院就批准在北大成立以胡济民为主任的物理研究室，率先承担起为国家培养核科学人才的重任，仅首届100名毕业生中就涌现出“两院”院士6人。北京大学是中国最早培养半导体人才的单位，1956年，北大等5校在北大建立了联合半导体物理专门化，以黄昆、谢希德教授为首的师生成为中国半导体科学事业的先行者。当中国计算机的研究刚刚起步，北大即开办计算机学习班，并让青年师生参加研制工作，这些举措培养锻炼了一批年轻人，其中不少人后来成为计算机科学领域的专家，如中国科学院和中国工程院院士、“国家最高科学技术奖”获得者王选。60年代，北京大学的基础科学研究取得了多项举世瞩目的成果，其中包括与中国科学院等单位协作的人工全合成牛胰岛素结晶，标志着人类首次合成了生命的基石之一——蛋白质。
人文社会科学研究历来是北大的强项，但是这个领域受政治环境的影响很大，这一时期接连不断的政治运动和各种所谓“学术批判”，极大地制约了研究工作。尽管如此，北京大学仍在诸多领域取得了重要成果，其中马寅初校长对中国人口问题的研究成果尤为突出。他的《新人口论》发表在1957年7月5日的《人民日报》上，文章阐述了中国人口剧增的严峻情况，系统论述了控制人口的必要性和具体措施，是理论联系实际解决重大国计民生问题的典范之作，但是文章发表后却遭到错误批判。北京大学历来重视教材建设，认为教材既是教学的需要，又是科研的体现。1961年，仅文科4个系就承担了教育部委托的教材编写任务28项，不少著名教授参加编著，一批高水准的高校通用教材很快编出。这些教材堪称新中国高校教材编写的范式之作，对之后的中国文科高等教育产生了深远影响。
50年代后期，由于党在指导方针上的某些失误，同全国一样，北京大学也走过一段弯路。在1957年的反右派运动中，北大有700余名师生被错划为右派。过多的政治活动和体力劳动严重干扰了正常的教学科研。1961年，党中央提出对国民经济实行“调整、巩固、充实、提高”的方针，努力纠正各种失误。同年颁发了《教育部直属高等院校暂行工作条件（草案）》，北京大学予以贯彻，对工作进行整顿，落实党的知识分子政策，特别是着力纠正忽视教学的偏向。新修订的教学计划强调“教学为主”，加强基本理论、知识和技能的训练，使教学质量有了显著提高，北大毕业生获得了“基础宽厚、有后劲”的赞誉。1966年，北大在校生达近9千人，是1949年的4倍多。自1949年到1965年，北大培养了3万多名本科毕业生和2000多名研究生，他们成为国家建设的骨干。这些毕业生中，涌现出了100多名中国科学院士和中国工程院院士。“两弹一星功勋奖章”获得者于敏、周光召，国防科技工作模范钱绍钧，受党中央表彰的知识分子优秀代表蒋筑英等，是其中的杰出代表。
1964年秋，中共中央宣传部决定在北京大学开展社会主义教育运动的试点，并向北大派了工作队。运动中，不少党员干部受到错误批判。1965年3月，邓小平总书记主持的一次中央书记处会议，着重讨论了北大的情况，明确指出“北大是一所比较好的学校”，对工作队的做法予以纠正。尽管如此，这场运动在北大造成的思想混乱，为接踵而来的“文化大革命”首先在北京大学“发难”埋下了诱因。
“文化大革命”时期的北京大学
1966 - 1976
1966年5月16日，中共中央通过了“五·一六通知”，标志着“文化大革命”的开始。在康生及其妻曹轶欧的策划下，哲学系聂元梓等于5月25日贴出了题为《宋硕、陆平、彭珮云在文化革命中究竟干些什么？》的大字报，诬陷、攻击北京大学党委和北京市委。6月1日，中央人民广播电台根据毛泽东主席的批示，全文播发了这张大字报。当晚，华北局派驻北京大学工作组进校。6月4日晨，新改组的北京市委负责人到北大宣布：撤销北大党委书记陆平、副书记彭珮云的一切职务，并对北大党委进行改组，由工作组代行党委职权。7月26日，在北大召开的万人“辩论”大会上，北京市委宣布撤销驻北大工作组，江青点名要聂元梓筹组北京大学文化革命委员会。9月11日，以聂元梓为主任的北京大学文化革命委员会（简称“校文革”）成立。校文革成立后，北大出现了许多造反派组织，并逐渐形成了严重对立的两大派，日趋激烈的派性斗争一度发展成大规模的武斗，校园一片混乱，学校财产遭到严重破坏。1968年9月18日，首都工人解放军毛泽东思想宣传队492人进驻北大，校系两级均由“工军宣队”领导。1969年9月27日，北京大学革命委员会成立，杨德中任主任。1971年5月，北大召开了中共第六次党代会，杨德中任党委书记。1972年2月，中共北京市委通知，王连龙任北大党委书记和校革委会主任。
“文化大革命”的十年，北京大学是重灾区。北大曾被加上“反党反社会主义的顽固堡垒”等各种莫须有的罪名，大批干部和教师被打成“黑帮分子”、“走资派”、“反动学术权威”，受到残酷迫害。这期间，被抄家的有400多户，冤假错案1000余宗，包括著名学者饶毓泰、翦伯赞、俞大絪在内的60余人非正常死亡。1968年“清理阶级队伍”，全校大部分教职工被强令集中食宿，失去行动自由。1969年，几千名教师被下放到血吸虫疫区江西鲤鱼洲农场进行劳动改造，接受再教育。“文化大革命”中，“四人帮”鼓吹“读书无用论”，北大同全国一样被迫停课，停止招生达4年之久，在人才培养方面造成了无可挽回的巨大损失。
到1970年，“文化大革命”前入学的在校生已全部毕业。当年6月27日，中共中央批转《北京大学、清华大学关于招生（试点）的请示报告》，报告规定高等学校招生废除考试制度，“实行群众推荐、领导批准、学校复审相结合的办法”，主要从工人、农民、解放军中招收“工农兵学员”。自1970年至1976年，北大共招收了7届工农兵学员12700多人。由于学员入学时的文化程度差别悬殊，教学工作面临极大的困