我国实行建设工程项目招投标制度已有多年，并取得较大的发展与进步，但是受社会环境、经济环境、传统文化、法制建设、管理体制、精神文明程度等多种因素的影响，还存在这样或那样的问题。
毋庸讳言，目前，人们的法制观念不强，同时一些法规不严谨，有漏洞，给投机取巧者造成机会；没有专业的建设工程经济法庭和司法队伍，建设工程合同的权力得不到法律的完全保障。这种情况在招投标市场中表现尤为明显。如，某些地方保护主义严重，招标过程中存在明显的倾向性，致使一些有实力的企业望而却步，被拒在竞争行列之外。项目资金没有到位或者资金根本没有落实，手续不全就上项目的现象依然存在，严重违反了基本建设的程序和规律，扰乱了基本建设的市场秩序。还有，建筑行业参与者的法律意识淡薄，对已经签订的工程项目合同缺乏严肃性，不认真履行其合同，违约的现象时有发生，致使经常发生不应该的合同纠纷，造成市场秩序混乱。
对承包商的选择应当是择优而定，选定承包商的第一关就是资格预审。资格预审是对参与竞标的施工承包企业的资质等级、业绩、技术装备、财务状况、技术人员构成等进行比较审查，从中选出几家优秀的企业来参加竞标，这种做法有利于保证发标人的自身利益。然而目前资格预审中却存在一些不尽人意的地方。比如，在资格预审中存在明显的倾向性，主要表现在发标人对资格预审的具体规定和要求的文件中，在有些资格预审的通知当中，作出了较为苛刻的规定，有意或无意中限制了一些有条件和有能力的承包企业前来竞标，这种做法在目前的市场运作当中是比较普遍的。真实性不够、存在舞弊行为，“借壳”现象较为严重。如一些承包者其本身并无任何资质，但会不择手段将其企业挂靠在某个有资质等级的建筑施工企业，借用其壳体进行工程项目的承包，而这些被“借壳”的企业在经济利益的驱动下，在收取一定的管理费用满足自身利益的前提之下，不会去过问“借壳”单位的经营管理情况，这种现象目前还较为普遍。在资格预审中的种种不尽人意之处严重影响到建筑市场的健康发展。
目前，我国在招投标过程中，一般情况之下，投标者都是根据国家制定的标准定额、费率等标准规定来进行标书价格的计算。而这些定额、费率仅仅反映整个社会该行业的平均劳动生产率，并未真正地、准确地反映某一个施工企业的生产能力和竞争能力。企业的综合素质、管理水平、资信实力等得不到充分的反映，忽视了科学与择优，不利于新技术、新工艺、新材料的应用与推广。企业即便有自己的内部定额，也不敢应用，因为很可能使企业不能中标。由此可见，这样的标书价格与施工企业的综合实力严重脱节，中标者未必就是真正具有执行合同能力的施工企业。导致合同的执行困难多多，问题多多。鉴于此种情形，现在一些地区在试行和推广最低价中标，得到了一些改善。但是另一个问题也随之出现：部分施工企业为了承揽该工程项目的施工任务，不惜以低于成本价格进行报价。这种情况的存在，严重扰乱了建筑工程项目招投标的市场秩序。
监理工程师在业主的委托之下对业主与第三方所签订的合同在实施过程中进行监督、管理和协调，并在项目实施过程中以监理工程师为核心进行管理。监理工程师的工作应从项目的可行性研究、方案的选择到工程项目的实施结束，贯穿于工程项目的全过程，并且是在有业主的授权下进行独立工作的。在这一过程中，监理工程师处于一个核心的地位，对工程项目的质量、投资、进度三大控制有着法定的权力，同时应具有参加招投标签定合同的权力、质量争议裁决权、签字付款决定权、变更决定权、分包确定权、争端处决权等等。但是在现实中，监理工程师在工程项目管理中的参与力度明显不够，表现在两个方面：第一，监理工程师的参与时间过晚，在工程项目实施之前，他们几乎不参与工程项目的管理；第二，监理工程师的权力不够。监理工程师应在业主的授权范围内独立地工作，可以独立地处理工程项目中事情，但是业主对他们没有完全地授权，致使他们在工作中受业主的摆布，使监理工作处于被动的地位。而这是必须纠正的，应该让监理工程师“在其位，谋其政”，发挥正当作用。
依据市场运作规则，建设单位通过招标形式，选择最适宜的施工承包队伍，使建设单位利益最大化。在运行操作中一些不尽人意的，造成公开、公正、公平扭曲，政府主管部门应该进行积极监管，坚持维护招投标工作的严肃性，规范招投标市场秩序。为此，建筑市场的参与者尤其是管理者应当正视存在的问题，勇敢地面对问题，积极地去解决问题，共同推动建设工程招投标工作和建筑市场健康稳定地发展。