鳃裂囊肿（branchial cleft cyst）又称为颈部淋巴上皮囊肿常位于颈上部近下颌角处，胸锁乳突肌上1／3前缘。一般认为鳃裂囊肿来自鳃裂或咽囊的上皮剩余，但也有人认为其发生可能与胚胎时期陷入颈淋巴结内的唾液腺上皮囊性变有关。囊肿好发于20～40岁的年轻患者，囊性肿物柔软。界限清楚，可活动，无明显症状，继发感染时可伴疼痛。囊肿一般发生于单侧。囊肿内含物为黄绿或棕色清亮液体，或含浓稠胶样、黏液样物。组织学上，90％以上的囊壁内衬复层扁平上皮，可伴或不伴角化，部分囊肿可内衬假复层柱状上皮，纤维囊壁内含有大量淋巴样组织并形成淋巴滤泡。第一鳃裂囊肿的囊肿壁内缺乏淋巴样组织，与表皮样囊肿相似。
另有一类发生于口腔内的、具有与腮裂囊肿相似组织学特点的囊肿，称为口腔淋巴上皮囊肿，这类囊肿发生于口腔内构成所谓Waldeyer环的淋巴组织内，与胚胎发育时内陷于这些区域的唾液腺上皮成分的增殖和囊性变有关。好发部位包括口底、舌、软腭等处。