在进行口腔疾病的鉴别诊断中，尚需考虑以下几种共同因素：
1.年龄因素：某些疾病在不同的年龄组，具有不同的发病率。比如复发性阿弗他溃疡患者多好发于青壮年，而原发性疱疹性口炎则以6岁以下儿童多见，尤其是6个月至2岁更多。
2.性别因素：某些口腔疾病的发病具有明显的性别差异。如盘状红斑狼疮多见于中青年女性，男女比例为1：2.
3.解剖因素：解剖因素与部分口腔疾病的鉴别诊断密切相关。例如，下唇好发黏液囊肿，却很少发生涎腺肿瘤；硬腭后部好发涎腺肿瘤，却很少发生黏液囊肿。又如，腮腺肿瘤中，良性肿瘤约占80%，而舌下腺肿瘤则90%以上为恶性。
4.异病同型与同病异型的问题：临床上如存在多处及多种损害时应考虑，既可能是同时发生的独立性疾病，也可能是同一疾病在不同部位、不同阶段的不同表现。如复发性阿弗他溃疡、白塞病、创伤性溃疡等均可出现口腔黏膜溃疡；而扁平苔藓则可同时表现为皮肤、黏膜的多处丘疹、白色条纹及糜烂。
5.全身性或系统性因素：某些口腔黏膜病变表现与全身性或系统性因素关系密切，被称为全身性或系统性疾病的口腔表征。因此，临床医师要有整体观念，不要忽视贫血、白血病、血小板减少性紫癜、艾滋病等全身性或系统性的症状和体征，以免漏诊，贻误治疗。