推进泛北部湾国家之间的航运、港口、物流合作是第五届泛北部湾经济合作论坛的三大议题之一。海运以其低成本、运量大的特点，成为当今世界贸易的主导运输方式。据统计，90%以上的国际贸易都是通过港口物流实现的。2009年广西北部湾港口货物吞吐量达9407万吨，同比增长16.3%。目前，广西北部湾港口成为对越南、马来西亚、印尼、文莱、新加坡、菲律宾等东盟国家海上贸易越来越重要的口岸，广西与东盟国家在航运、港口、物流合作方面取得长足发展。
在港口合作取得了重要进展的同时，广西沿海三大港口尚存在一些问题。比如，港口基础设施和综合服务能力尚显不足，影响了泛北部湾经济的发展。北部湾港作为中国－东盟海上走廊的重要枢纽，具有承南启北的区位优势。因此，把广西沿海港口建设作为中国－东盟自由贸易区发展的航运物流支撑，提高广西航运、港口、物流的综合能力，对于泛北部湾经济合作以至中国－东盟自由贸易区建设等，都具有重要意义。
推进泛北部湾港口物流合作，首要的是完善港口的基础设施。随着中国与海上东盟6国之间的经济合作不断加强，经过海运进出口大宗的货物越来越多，这就需要提供空间大、高水平的码头让外来船只泊位。广西近期拟投资90亿元建设水运交通基础设施，重点加快港口码头、深水航道和大型深水泊位的建设，以推进港口向大型化、深水化、专业化方向发展。与此同时，要进一步提高港口服务能力，增强航运服务意识，提高港口服务的科技含量和专业水平，实现港口扩大与港口现代化管理协同发展。此外，还要制定和完善有关航运、港口、物流的优惠政策，为合作创造良好的环境，各种优惠政策叠加，吸引更多的客户加入到泛北合作中来。
当前，要采取更加有力的措施加强泛北部湾港口间的合作，实现互动发展，尤其要密切广西与东盟国家在港口、码头建设、集装箱联运、国际中转、运输航线、物流配送、油轮客运等方面的合作。总之，通过落实有力措施，加快发展步伐，努力推进泛北部湾在航运、港口、物流方面的合作发展。