将颤藻和水绵细胞用碘液染色后，可发现颤藻细胞内没有成形的细胞核，说明颤藻属于原核生物；水绵细胞内可见到染色较深、形状固定的结构，说明水绵属于真核细胞，A正确；

做牛蛙脊髓反射实验时，剪去蛙的头背部是为了消除脑对脊髓反射的控制，即控制无关变量对实验结果的影响，B正确；

不同色素在层析液中扩散的速度不同，其中胡萝卜素在纸层析过程中扩散速度最快，C正确；

样方法一般用来调查种群密度，动物物种多样性调查常用的方法是目测估计法和记名计数法，D错误。