①真核细胞无氧呼吸产生的二氧化碳的场所是细胞质基质，不是线粒体，原核细胞无线粒体，也能产生二氧化碳，①错误；

②水的生成过程可以发生在细胞核中，如DNA分子的复制和转录过程，②错误；

③淀粉酶的本质是蛋白质，蛋白质的合成场所是核糖体，因此淀粉酶合成一定发生在细胞器中，③正确；

④有氧呼吸第一阶段和无氧呼吸第一阶段长生[H]的场所是细胞质基质，④错误；

故选A。