假设B在2号染色体上，D在1号染色体上，则基因型AaBD的短纤维抗虫棉植株自交，子代基因型为AADD、AaBD、aaBB，均表现抗虫，没有不抗虫的植株，不符合题意，D错误。假设B、D基因均在3号染色体上，则子代表现型为：短纤维抗虫、短纤维不抗虫、长纤维抗虫、长纤维不抗虫，比例为9：3：3：1，出现了长纤维不抗虫的性状，不符合题意，C错误。若B、D基因均在1号染色体上，则子代也会出现长纤维不抗虫的性状，不符合题意，A错误。若B、D基因均在2号染色体上，则子代表现型为：短纤维抗虫、短纤维不抗虫、长纤维抗虫，比例为2：1： 1，符合题意，B正确。