维生素D是固醇的一种，苏丹Ⅳ染液检测的是脂肪，A错误；

在观察叶绿体形态和分布的实验中，使用清水制作黑藻临时装片，B错误；

分离叶绿体中的色素时，用的是层析液，无水乙醇可用来提取色素，C错误；

健那绿是专一性染线粒体的活细胞染料，使活细胞中的线粒体染成蓝绿色，有利于在高倍镜下观察生活状态的线粒体的分布及形态，D正确。故选：D。