酶工程是细胞水平（或性状水平）操作，基因工程是基因水平操作；酶工程中可通过层析提纯酶蛋白，基因工程筛选出已获得目的基因的受体细胞；酶工程合成的蛋白质可以是天然的，也可以是改造过的非天然蛋白质，基因工程合成的是天然存在的蛋白质；酶工程产品相对安全且应用广，基因工程产品安全性稍弱且可能影响生态环境。