A错误，共同进化就是同种生物之间、不同物种之间、生物与无机环境之间在相互影响中不断进化和发展，不仅存在种间关系，还存在种内关系等。B错误，保护生物多样性的措施中，就地保护才是对生物多样性最有效的保护。C错误，基因突变能引起基因频率的改变，因为基因突变是不定向的，随机发生的，与环境是否改变没有必然的联系，此外，个体的迁入迁出等也会影响到基因频率的改变。D正确，共同进化是生物多样性形成的原因。