办理指定交易的登记确认程序为：
1、投资者向证券经营机构提出申请，经其同意后，双方签署“指定交易协议书”，作为书面的依据;
2、证券经营机构按协议向上证所电脑主机申报证券帐户的指定交易指令;
3、交易所电脑主机接收申报当日收市后，由上证所发出指定交易确认回报，则该帐号的指定交易便在下一个交易日生效。