在基金的运作过程中，有一些必要的开支需基金承担，其中基金管理费和基金托管费是基金支付的主要费用。
基金管理费是支付给基金管理人的管理报酬，其数额一般按照基金净资产值的一定比例，从基金资产中提取。基金管理人是基金资产的管理者和运用者，对基金资产的保值和增值起着决定性的作用。因此，基金管理费收取的比例比其他费用要高。基金管理费是基金管理人的主要收入来源，基金管理人的各项开支不能另外向基金或基金公司摊销，更不能另外向投资者收取。在国外，基金管理费通常按照每个估值日基金净资产的一定比例（年率），逐日计算，定期支付。
管理费费率的高低与基金规模有关，一般而言。基金规模越大，基金管理费费率越低，但同时基金管理费费率与基金类别及不同国家或地区也有关系。一般而言，基金风险程度越高，其基金管理费费率越高，其中费率最高的基金为证券衍生工具基金，如认股权证基金的年费率为1．5％～2．5％。最低的要算货币市场基金，其年费率仅为0.25％～1％。香港基金公会公布的其他几种基金的管理年费率为：债券基金年费率为0.5％～1.5％。股票基金年费率为l％～2％，在美国等基金业发达的国家和地区，基金的管理年费率通常为1％左右。但在一些发展中国家或地区则较高，如我国台湾的基金管理年费率一般为1．5％，有的发展中国家的基金管理年费率甚至超过3％。我国目前的基金管理年费率为2.5％。
为了激励基金管理公司更有效地运用基金资产，有的基金还规定可向基金管理人支付基金业绩报酬。基金业绩报酬，通常是根据所管理的基金资产的增长情况规定一定的提取比率。至于提取的次数，香港规定每年最多提取一次。
基金托管费，是指基金托管人为基金提供服务而向基金或基金公司收取的费用。托管费通常按照基金资产净值的一定比例提取，逐日计算并累计，至每月末时支付给托管人，此费用也是从基金资产中支付，不须另向投资者收取。基金的托管费计入固定成本。基金托管费收取的比例与基金规模和所在地区有一定关系，通常基金规模越大，基金托管费费率越低。新兴市场国家和地区的托管费收取比例相对要高。托管费年费率国际上通常为0．2％左右，美国一般为0．2％，我国内地及台湾、香港，则为0.25％。
必须指出的是，基金管理费和托管费是管理人和托管人为基金提供服务而收取的报酬，是管理人和托管人的业务收入。管理费和托管费费率一般须经基金监管部门认可后在基金契约或基金公司章程中订明，不得任意更改。基金管理人和托管人因未履行或未完全履行义务导致的费用支出或基金资产的损失，以及处理与基金运作无关的事项发生的费用，不得列入基金管理费和托管费。