在基金的运作中，有两个重要的机构，即基金管理人和基金托管人。为了保证基金资产的安全，基金应按照资产管理和保管分开的原则进行运作，并由专门的基金托管人保管基金资产。基金主要投资于证券市场，为保证基金资产的独立性和安全性，基金托管人应为基金开设独立的银行存款账户，并负责账户的管理。即基金银行账户款项收付及资金划拨等也由基金托管人负责，基金投资于证券后，有关证券交易的资金清算由基金托管人负责。基金管理人的主要职责是负责投资分析、决策，并向基金托管人发出买进或卖出证券及相关指令。因此，不管银行存款账户的款项收付。还是证券账户的资金和证券清算，基金托管人都是按照基金管理人的指令行事，而基金管理人的指令也必须通过基金托管人来执行。从某种程度上来说，基金托管人和基金管理人是一种既相互合作、又相互制衡、相互监督的关系。鉴于基金托管人的重要性，有人把基金托管人誉为“基金安全的守护神”。
一般来说，基金托管人主要有以下职责：①安全保管全部基金资产；②执行基金管理人的投资指令；③监督基金管理人的投资运作，如果发现基金管理人有违规行为，有权向证券主管机关报告，并督促基金管理人予以改正；④对基金管理人计算的基金资产净值和编制的财务报表进行复核。为了明确各自的职责，保证基金资产的安全，基金管理人和基金托管人应根据《证券投资基金管理暂行办法》及其实施准则、基金契约等有关规定，签订基金托管协议，就基金资产的保管、基金的管理和运作、以及相互监督等事宜做出具体规定。在实际运作中，双方应诚实、勤勉、尽责，严格遵守基金托管协议的有关条款。
由于基金托管人在基金运作中扮演着非常重要的角色，在外国，对基金托管人的任职资格都有严格的规定，一般都要求由商业银行及信托投资公司等金融机构担任，并有严格的审批程序。在我国，根据《证券投资基金管理暂行办法》的规定，基金托管人必须经中国证监会和中国人民银行审查批准，并具备下列条件：①应为商业银行；②实收资本不少于80亿元人民币；③设有专门的基金托管部门；④有足够的熟悉托管业务的专职人员；⑤具备安全保管全部基金资产的条件；⑤具备安全、高效的清算交割能力。在现阶段，符合上述条件的只有五家商业银行：中国工商银行、中国建设银行、中国银行、中国农业银行和交通银行。基金在运作过程中如要更换基金托管人，新任基金托管人应经中国证监会和中国人民银行审查批准。经批准后，原任基金托管人方可退任。如果基金托管人因故必须退任，而基金找不到新任基金托管人时，基金应当终止并予以清盘。