从公司股权结构来看，基金管理公司可以分为以下几种：
(一)独立存在、私人持股的基金管理公司
基金管理公司为少数股东持有，不公开上市交易。一些规模较小，以基金管理人员为公司发起人和合伙人成立的基金管理公司大多以这种方式存在。
(二)隶属于其他金融机构的基金管理公司
1．隶属于证券公司的基金管理公司。许多大证券公司拥有一个甚至几个基金管理公司作为金融服务业务的一部分。
2．隶属于保险公司的基金管理公司。隶属于保险公司的基金管理公司为其全资子公司。
(三)隶属于商业银行的基金管理公司
(四)由基金持有人拥有的基金管理公司
公司不存在私人股东，公司股权由所管理的基金拥有，而各基金则由基金持有人拥有。公司营运费用由所管理的基金按比例分摊，基金投资利润全数返还基金投资者。
从国际惯例来看，由于证券市场的激烈竞争和严格的监管条件，基金管理公司的股权过度分散不利于建立有效的公司治理结构，大多数基金管理公司均为全资及控股型。
我国基金一般采用有限责任公司的组织形式，从公司股权结构来看，可分为两种类型：一是有国内证券公司或信托投资公司绝对或相对控股的基金管理公司；二是有发起人股东采取平均持股形式设立的基金管理公司。