基金的资金清算依据交易场所的不同分为交易所交易资金清算、全国银行间市场资金清算和场外资金清算三部分。
(一)交易所交易资金清算
交易所交易资金清算指基金在证券交易所进行股票、债券买卖、回购交易时所对应的的资金清算。
1．数据来源。交易所交易资金清算的数据来源于中国证券登记结算公司。托管人在每天交易结束后，通过卫星系统接收中国证券登记结算公司的清算数据，将其按照一定的格式发送至基金清算与会计系统。
2．清算时间。根据沪深交易所现行的资金清算规则，交易资金采用T 1日交割制度。因此，交易所交易资金清算时间为T 1日收盘前(下午3：00)。
3．交易所资金清算步骤：
(1)接收交易数据。T日闭市后，托管人通过卫星系统接收交易数据。
(2)制作清算指令。托管人对当日交易进行核算、估值及核对净值后，制作清算指令，完成T日的工作流程。
(3)执行清算指令。T十1日托管人将经复核、授权确认的清算指令交付执行。
(4)确认清算结果。基金托管人对指令的执行情况进行确认，并将清算结果通知管理人。
(二)全国银行间市场交易资金清算
全国银行间债券市场交易资金清算包括基金在银行间市场进行债券买卖、回购交易等所对应的资金清算。
1．基金在银行间债券市场发生债券现货买卖、回购业务时，基金管理公司将该笔业务的“成交通知单”加盖管理公司业务章后发送基金托管人。
2．基金托管人在“中央债券综合业务系统”中，采取双人复核的方式办理债券结算后，打印出交割单，加盖基金资金清算专用章，传送管理公司，原件存档。
3．债券结算成功后，按照成交通知单约定的结算日期，制作资金清算指令，进行资金划付。
4．基金托管人负责查询资金到帐情况，资金未到帐时，要查明原因，及时通知管理人。
(三)场外资金清算
场外资金清算指基金在证券交易所和银行间市场之外所涉及的资金清算。包括申购、增发新股、支付基金相关费用以及开放式基金的申购与赎回资金清算等。场外资金清算流程如下：
1．基金托管人通过加密传真等方式接收管理人的场外投资指令；
2．基金托管人对指令的真实性、合法性、完整性进行审核，审核无误后制作清算指令。清算指令经过复核、授权后，交付执行；
3．对指令的执行情况进行查询，并将执行结果通知基金管理人。