(一)内部控制的基本要素
内部控制的基本要素包括控制环境、风险评估、控制活动、信息沟通和内部监控。
1．控制环境构成托管人内部控制的基础，控制环境包括经营理念和内控文化、组织结构、员工道德素质等内容。
2．风险评估是指通过建立科学严密的风险评估体系，对托管业务内外部风险进行识别、评估和分析。
3．控制活动是指托管人通过制定完善的管理制度和采取有效的控制措施，及时防范和化解风险。
4．信息沟通是指托管人内部应当维护畅通的信息沟通渠道，建立清晰的报告系统。
5．内部监控是指托管人通过建立有效的稽核监督体系、内部监控制度、稽核检查制度、内部控制制度的评审和反馈机制，设置督察员和独立的监察稽核部门，对内部控制制度的执行情况进行持续的监督，保证内部控制落实。
(二)内部控制的内容
基金托管人内部控制的内容主要包括资产保管、资金清算、投资监督、会计核算和估值、技术系统等五个方面。
1．资产保管的内部控制。资产保管是基金托管业务的重要方面，基金托管人应制定完善的基金资产保管制度、操作流程和岗位工作手册，并采取有效的风险控制措施；
(1)基金托管人必须将基金资产与自有资产、不同基金的资产严格分开。基金托管人要为基金设立独立的账户，单独核算，分帐管理。不同基金之间在持有人名册登记、账户设置、资金划拨、帐册记录等方面应完全独立。
(2)托管人不得自行运用、处分、分配基金的任何资产。
(3)基金托管人应以基金名义代基金开立银行存款账户、证券账户、清算备付金帐户。并安全保管基金印章、账户印鉴、证券账户卡和账户原始资料。
(4)基金托管人应安全保管与基金资产有关的重大合同的保管和实物券凭。
(5)基金托管人应建立定期对帐制度。定期核对全部账户资产，保证账实、账账、账证相符。
2．资金清算的内部控制。基金托管人应制定规范的基金资金清算制度、操作流程和岗位工作手册，并制定以下风险控制措施：
(1)基金托管人应实行严格的岗位分离制度。在岗位分工的基础上明确各资金清算岗位职责，严禁需要相互监督的岗位由一人独自操作全过程。
(2)基金托管人应严格按照基金管理人的有效划款指令办理基金名下资金清算，没有基金管理人的划款指令，，不得办理基金名下资金清算。
(3)建立复核制度，形成相互制约机制，防止差错的产生。
(4)基金托管人应建立严格的授权管理制度，在授权范围内及时准确地完成基金清算，确保基金资产的安全。