证券投资基金有特定的运作关系和当事入主体。一般而言，证券投资基金由基金发起人发起设立，在我国，根据《暂行办法》、《试点办法》的规定，封闭式基金由发起人设立，开放式基金由管理人设立。个人投资人或机构投资人根据基金契约的要求，通过特定的渠道认购基金单位，发行期结束后，募集资金达到规定的条件基金成立。然后，基金资金交由基金托管人保管，由基金管理人进行投资管理。
日常投资运作中，基金管理人按照基金契约规定的投资范围、投资组合选择符合条件的股票、债券等进行投资，并承担基金会计核算、基金估值、基金信息披露等职责。基金托管人根据基金契约或合同的规定，保管基金资产，接受基金管理人的投资指令划拨资金，进行清算核算，实施对管理人的监督以及保管基金的重大合同和凭证等。基金在运作中的审计、法律服务由符合条件的律师事务所或会计师事务所提供。
不同的基金类型，交易或买卖的渠道、方式等也不相同。封闭式基金交易中，投资人通过证券营业网点进行委托，通过证券交易所和登记结算公司完成交易确认和账户管理等。开放式基金由管理人委托销售机构代理销售，委托其他的或通过自身设立的注册登记机构完成交易确认、账户管理、分红等业务，投资人通过公司直销或代理销售机构的营业网点进行认购、申购、赎回或其他的业务。