为实施证券交易法，日本还制定许多补充规则，比较重要的包括：
（1）关于流通证券上市的通知的政府条例：
（2）关于募集或发行外国政府债券的登记等事项的政府条例；
（3）关于募集或发行外国投资信托债券的登记等事项的政府条例：
（4）关于证券认购要约的登记等事项的政府条例：
（5）关于证券公司的政府条例；
（6）证券公司资信可靠的标准：
（7）关于证券交易所的政府条例；
（8）基于稳定周转目的而进行的证券交易的登记：
（9）关于证券卖空的规定：
（10）关于全权委托的证券交易账目的规则：
（11）关于财务报表审计证明的规则。
除此之外，日本其他有关证券交易的法律还有：《商法典》、《民法典》、《证券投资信托法》、《担保债券信托法》、《外汇和外贸管理法》、《外国证券公司法》、《注册会计师法》、《证券中央总库和清算法》。下面主要就前五项法律作简单介绍。
（1）《商法典》制定于l899年，迄今已历经数十次修订。《商法典》主要对日本公司的组成和管理，股票和债券的发行以及外国公司的某些活动进行了规定。此外，还包括关于管理机关的责任、股东和债权人利益的保护以及公示的要求、无担保债券等内容。
（2）《民法典》制定于l896年，该法典主要是契约法部分涉及证券交易的一些内容。
（3）《证券投资信托法》和《担保债券信托法》，是日本资本市场比较重要的两个法律。日本证券投资信托的类型，限制在该法许可的范围之内。
（4）《担保债券信托法》颁布于20世纪初，旨在鼓励日本公司发行国外担保债券，但实际上也适用于日本公司发行国内债券。
（5）《外汇和外贸管理法》是在1967年以后，日本的国际证券交易日趋活跃。东京证券交易所于l970年加入证券交易所国际联盟。日本政府于l971年颁布了旨在管理外国证券公司的法规——《外汇和外贸控制法》，这就是《外汇和外贸管理法》的前身。为了进一步促进对外交易的自由化，l980年日本政府在《控制法》的基础上修订出台了《管理法》。1998年4月生效的新《外汇法》取消了外汇管制。该法规定下列证券发行必须预先向有关部门呈报文件：一是在日本国外发行，由当地居民认购的证券；二是在日本国内发行，由非当地居民认购的证券。
1996年年底，日本政府启动了名为“大爆炸”的金融体制改革。l998年颁布的《金融体系改革法》涵盖了24个关联法律的修改，其中对《证券交易法》和《证券投资信托法》几乎进行了全面修改。主要内容有：允许有价证券衍生产品在银行柜台交易、允许交易所场外设立电子交易系统、证券公司由核准制改为注册制及专业义务的撤销、扩大银行证券业务范围包括可以在银行柜台销售投资信托产品、给予股票柜台市场与交易所市场同等的市场地位、完善交易所场外交易的制度建设、完善证券交易所设立、合并的有关规定、实现股票交易委托手续费自由化、引进私募及公司形态的投资信托、基金管理公司由执照制改为认可制、放宽对投资委托业务的限制，扩大金融机构下设银行、证券、保险子公司的业务范围等。同时，扩大有价证券的定义、信息披露制度对投资信托的适用、完善关于小额募集的信息披露制度、改为以合并报表为基础的信息披露、严格证券公司对客户资产的分类管理、完善通过证券业协会的纠纷处理制度、设立证券公司破产时保护投资者的投资者保护基金、设立保险公司破产时保护合同签约人的保险契约者保护机构等。
1999年制定了跨行业的投资者保护法《金融商品销售法》；2000年通过了对《资产流动化法》及《投资信托法》等资产流动化相关法律的修改，设立金融厅统一负责金融政策的制定及对银行、证券、保险等金融机构的监管。
2002年对《商法典》进行修改。强化了传统的公司监事的职能，要求公司监事须独立于董事会；外部监事应从“一名以上”增加为“至少一半”，从“过去5年未在公司任职”限定为“未曾在公司任职”，任职期限由3年增至4年。与此同时，大公司可选择不设监事而在董事会下设审计、提名及薪酬委员会，每个委员会须由3名以上董事组成，外部独立董事须占过半。
2003年对《注册会计师法》进行全面修改。对注册会计师的职责进行了明确规定；加强对审计师的监管，在原有注册会计师协会的基础上，新设注册会计师及审计监督委员会（CPAAOB），强化了对注册会计师和会计师事务所的纪律检查；提高审计师的独立性，禁止对大公司提供非审计服务，披露在公司的权益，定期更换业务委聘审计师及复核审计师，不得在最近或下一个会计年度任职为公司董事或高管人员。
日本对证券市场的管理比较多地借鉴了英、美两国的监管经验及有关立法。