所谓股本权证，是由上市公司发行的、以本公司股票为标的证券的权证；备兑权证则是由标的证券发行人以外的第三人（通常为投资银行、券商等金融机构）发行的权证。从定义来看，股本权证和备兑权证最主要的区别就是发行人不同：股本权证发行人为上市公司，而备兑权证发行人为第三方机构。除此之外，股本权证和备兑权证还有以下区别：
首先是标的资产的范围不同。股本权证给予权证持有人在约定时间、以约定价格购买上市公司股票的权利，因此，股本权证的标的资产仅限于上市公司股票；备兑权证标的资产则可以为个股、一篮子股票、股价指数等等。显然，备兑权证在标的资产的设置上要比股本权证灵活得多。
其次，权证的发行目的不同，持有者的权利行使方向也存在差别。股本权证通常被上市公司用来作为融资或者股权激励的工具。如分离交易可转债，派发认购证可以起到吸引投资者的作用，同时还具备二次融资的用途；备兑权证是由券商等金融机构发行，目的是为投资者提供杠杆投资和风险管理的工具。备兑权证可以是认购证也可以是认沽证。如果投资者看好某只股票但没有充裕的资金，可以通过购买这只股票的认购证来以小博大，享受正股上涨带来的收益。此外，投资者还可以利用备兑权证来进行风险管理。
第三，股本权证的流通量一般是固定的，而备兑权证的流通量在一定条件下可以改变。股本权证发行之后，流通量一般是固定的。而在特定情况下，备兑权证发行人可以增发备兑权证，因而其流通量通常并不固定。例如，在香港市场，交易所规定，当备兑权证的街货量超过权证发行量的50％时，发行人可以申请增发权证，从而增加权证的流通量，以满足市场需求。
最后，结算方式和行权结果存在差别。股本权证持有人行权是采用股票结算的，上市公司通过发行新股来满足投资者的行权要求，行权将会导致公司总股本增加；备兑权证的结算方式则比较灵活，既可以股票结算也可以现金结算。以现金结算时，权证持有人以行权价与标的资产结算价格的差价收取现金，不涉及上市公司股本变化。以股票结算时，以认购证为例，发行人通过在市场买入（或自己原持有的）标的股票来满足投资者的行权要求。这样，股票只是从备兑权证发行者手中转移到权证持有人手中，因此也不会涉及上市公司股本的变化。