权证本质上是一种期权合约，权证持有人享有在权证行权期内行权的权利。如果权证持有人行权，则应根据权证的条款进行相应结算。目前，权证的结算方式主要有两种，即现金结算和实物结算。现金结算是权证持有人行权时，按行权价格与标的证券的结算价格及行权费用之差价，收取现金。结算价格一般取行权日前10个交易日标的股票每日收盘价的平均数。
实物结算又称为证券给付结算，对于认购证，是指在行权时权证发行人以约定的价格向持有人出售相应的标的证券；对于认沽证，是指行权时权证发行人以约定的价格向持有人购买标的证券。
如果权证的发行人是上市公司，发行权证的目的是融资，如现在我国市场上的可分离债权证，一般采用证券给付方式结算。这种方式的好处是，在权证到期时，如果权证处于价内状态，权证持有人将会行权，发行人通过发行新股来满足行权需求，从而达到公司的融资目的。
对于实物结算，认购证持有人在行权时不仅要准备相应的资金购买股票，同时行权所获得的股票要在行权后的下一交易日才能出售，这样投资者就面临一定的流动性风险，投资者的行权收益还要受到行权后正股价格波动的影响。对于认沽证持有人，则需要准备足够数量的标的股票，因此大规模的行权也可能导致标的股票的需求量增加，从而提高行权成本。
相比较而言，现金结算方式的优势较为明显。首先，由于不涉及标的股票的交割，因此不会对标的股票的价格产生很大冲击；其次，与证券给付方式要求投资者主动申报行权不同，现金结算方式的权证在到期时，如果权证处于价内，结算系统会自动将结算价与行权价的差额并扣减相应费用后，给予持有人相应的现金收入。这样的好处有二，一是不会发生误行权，即价外证不会被行权；二是不会发生权证在具有行权价值时，由于投资者没有足额现金或标的股票而不能行权，或者忘记行权的情况。最后，对于认购证持有人而言，如果采用现金结算方式，行权后投资者获得的是现金而非股票，因此，行权后标的股票价格的波动不会影响投资者的收益。
从成熟市场的情况来看，现金结算是主流结算方式。在我国，之所以现在绝大多数权证仍采取实物结算的原因是，我国权证市场多数权证是从可分离债中分离出来的股本权证。将来备兑权证成为我国权证市场上的主流产品时，现金结算亦将成为主流结算方式。