从我国证券市场的运行情况来看，证券公司主要面临以下五个方面的风险。
第一，承销风险。承销风险主要有以下二个方面：①证券公司往往要花费很多时间和精力来力争成为上布公司发行新股主承销商，但由于竞争激烈，订多证券公司即使投入再大，也难以获得一家主承销商资格：②已成为主承销商的证券公司他面临一个能否实现承销计划的问题，特别是在二级市场低迷的情况下，还存在因认购不足而不得不自己认购的可能;③在包销配股的情况下，证券公司极可能买下销售不出去的股票，甚至对认购的转配股作长期投资，这就是配股承销风险。
第二、自营风险。同一般的投资者一样，证券公司在二级市场上从事自营业务同样面临着多方面的风险。由于对市场上的行情判断失误，买进或卖出股票的时机不对，以及证券投资组合不当等等，都可能遭受损失。
第三，资金流动性风险。资金流动性风险，是以高负债水平为特征的金融机构面临的共同难题。证券公司的资金流动性风险，是指证券公司不能如期满足客户提款取现(如客户提取股票交易保证金)，或不能如期偿还流动负债而导致的财务用境。香港百富勤集团的倒闭，就是因为流动性风险的爆发而引致的。目前我国投资者从事A股、国债和基金交易时，资金的清算和结算都是通过委托证券公司来完成的，资金账户也设立在证券公司，这给证券公司非法挪用客户保证金进行自营，允许客户透支或进行其他获利行为创造了机会，同时也潜伏着极大的流动性风险。如何解决这一问题，是进一步规范证券公司行为的重点内容之一。
第四，内部管理风险。其表现形式多种多样，如交易电脑系统出现故障，业务人员工作疏漏造成交易差错，业务人员从事内幕交易和违法违规操作而造成巨额损失，业务往来中金融诈骗，重大项目投资或新业务决策失误等等。随着证券公司分支机构的不断增加和证券公司业务的逐步多元化，证券公司内部管理风险将越来越大。
第五，生存风险。我国目前小的证券公司资产额仅有几千万元，较大的证券公司如申银万国、国泰、南方、华夏等全国性证券公司的注册资本也都在10亿元左右，与发达国家的证券公司相去甚远。且大部分证券公司仅仅经营证券经纪业务，过分依赖于单一的佣金收入。一旦交易变淡，这些证券公司的佣金收入就会锐减，一些证券公司维持自身的运营都存在较大压力。