由于目前上海证券交易所、深圳证券交易所上市国债大多采用无纸化流通方式并实行中央托管，故欠库行为一般发生在国债实物券交易中。
1．对国债现货交易和回购业务实行”先入库，后卖出”的制度。
2．根据”先入库，后卖出”的原则，若有券商欠库发生，则按差额扣除相应卖出价款，同时该部分资金款项也不能参与当日资金结算的轧差。
3．对因欠库而被暂扣的资金，实行T 3日以内的”钱货两清”，即在成交日后3个营业日内，国债实物券入库即由证券登记结算机构主动退回相应价款。
4．超过上述期限，证券登记结算机构通知上海证交所执行强制补仓，以暂扣的款项在场上买人相应数量的国债券，由此发生的价差损失由”卖空’’方承担
5．国债回购业务也按上述规定办理，即在回购交易中作为融资方成交的券商也同样必须实行”先入库，后卖出”的制度，若标准券不足，扣收相应价款后，在规定期限内仍不能补足实物券库存，将作卖空处理。