证券存管是财产保管制度的一种形式，是指作为法定登记机构的证券登记结算公司及其代理机构接受投资者委托向其提供记名证券的交易过户、非交易过户等股权登记变更、分红派息以及股票账户查询挂失等各项服务，使股东权益和股权变更得以最终确定的一项制度。
证券存管的原则是对股票、基金、无纸化国债等记名证券实行中央存管的办法，并按每一股东开设的证券账户以电脑记账的形式记载存管证券数量及变更情况。对存管后的证券，实行非流动性制度，对股权、债权变更引起的证券转移，不签发实物证券，而是通过账面予以划转。
我国目前的证券存管制度
1、 上海证券交易所目前实行的是中国证券登记结算有限责任公司上海分公司（以下简称“上海证券登记结算公司” ）统一托管和证券公司法人集中托管及投资者指定交易的制度。
即：除了上海证券登记结算公司统一存管投资者的证券资产和相关资料，办理有关证券存管业务外，证券公司以法人为单位设立证券托管库，集中托管所辖营业部所属客户的证券资产及相关资料，办理有关查询挂失等业务，投资者必须在某一证券营业部办理证券账户的指定交易后方可进行证券买卖或查询，投资者转换证券证券营业部买卖证券时，须在原证券营业部申请办理撤销指定交易，然后到转入证券营业部再办理指定交易手续。
指定交易是指投资者与某一营业部签订协议后，指定该机构为自己买卖证券的惟一交易点。从1998年4月1日起，上海证券交易所开始实行全面指定交易制度。
全面指定交易制度是指：凡在上海证券交易所交易市场从事证券交易的的投资者，均应事先明确指定一家证券营业部作为其委托、交易清算的代理机构，并将本人所属的证券账户指定于该机构所属于席位号后方能进行交易的制度。该制度实施后，投资者如不办理指定交易，上海证券交易所电脑系统将自动拒绝其证券账户的交易申报指令（从事B股交易的境外投资者除外），直到该投资者完成办理指定交易手续。
投资者办理指定交易的登记手续和确认程序为：首先，投资者向证券公司提出申请，经证券公司同意后，双方签署《指定交易协议书》，其次，证券公司按协议向上海证券交易所电脑主机申报证券账户的指定交易指令；再次，交易所电脑主机接受申报，当日收市后发出指定交易确认回报并附确认编号，该证券账户的指定交易自下一个营业日即可生效。
已选择指定交易的投资者，有权根据需要将自己的指定交易所属于 证券营业部予以变更，证券营业部不得以任何理由拖延或拒绝，除非投资者有未履行交易交收责任等违约情况。
2、 深圳证券交易所的证券存管制度
深圳证券交易所实行的是中国证券证券登记结算有限责任公司深圳分公司（以下简称“深圳证券登记结算公司” ）统一托管和证券营业部分别托管的二级托管制度，又称托管证券公司制度。
即：深圳证券登记结算公司统一存管投资者的证券资产和相关资料，办理相关证券存管业务；同时，由证券营业部为托管证券公司设立证券托管库，负责托管所属客户的证券资产及相关资料，办理有关查询挂失业务。
深圳证券交易所的托管证券公司制度可概括为：自动托管，随处通买，哪买哪卖，转托不限。
即：深圳市场的投资者持有的证券需托管在自己选定的证券营业部，由证券营业部管理其名下的明细证券资料，投资者的证券托管是自动实现的。
投资者在任一证券营业部买入证券，这些证券就自动托管在该证券营业部，投资者可以利用同一证券账户在国内任一证券营业部买入证券。
投资者要卖出证券必须到证券托管营业部方能进行（在哪里买入就在哪里卖出）。
投资者也可将其托管证券从一个证券营业部转移到另一个证券营业部托管，称为转托管。转托管可以是一只证券或多只证券，也可以是一只证券的部分或全部。
投资者在原托管证券营业部申请办理转托管，营业部报盘至交易所，交易所在当天（T日）收市后即处理到账，同时将处理结果传送给转出证券营业部和转入证券营业部。投资者于第二个交易日（T 1日）就可以在转入证券营业部（新的托管证券营业部）卖出证券。