1．两者最根本的区别在于清算是对应收应付证券及价款的轧抵计算，其结果是确定应收应付净额，而并不发生财产实际转移；交割是对应收应付净额（包括证券与价款）的交收，发生财产实际转移（虽然有时不是实物形式）。
2．从处理单位来看，清算一般以同一清算期内证券经营机构的每一个交易席位作为一个清算单位，即每个营业日对证券经营机构的每一个交易席位作一次清算；如果该证券经营机构拥有多个席位，则由证券经营机构再将相应席位清算数据汇总后同结算公司集中办理交割事宜。
一般交割方式
交割的具体方式大致可以分为以下几种：
（一）当日交割，证券买卖双方在证券交易达成之后，于成交当日即进行证券和价款的收付，完成交割。
（二）次日交割，证券买卖双方在交易达成之后，于下一营业日进行证券和价款的收付，完成交割。
（三）例行日交割，证券买卖双方在交易达成之后，按所在交易所的规定，在成交日后的某个营业日内进行交割。
（四）特约日交割，证券买卖双方在交易达成之后，由双方根据具体情况商定，在从成交日算起15天以内的某一特定契约日进行交割。
（五）发行日交割，这种交割方式适用于新股发行。