1．登记存管
上海证券中央登记结算公司（以下简称登记结算公司）作为一个证券中央存管组织，自成立以来依法对在上海证券交易所上市的证券实行集中登记存管。登记结算公司实行中央存管制度，即所有在上海证券交易所上市的证券均必须在登记结算公司存管。各证券经营机构是上市流通证券及证券投资人持有的非流通证券的中央存管委托人，发行人是国家股与法人股的中央存管委托人。在中央存管制度下，登记结算公司对存管委托人负责，存管委托人对其所托管的证券投资人负责。证券投资者必须指定一家证券经营机构为其证券托管机构和指定交易机构。
2．结算
结算是在一笔证券交易达成之后的后续处理，包括清算和交收两项内容,是证券市场交易持续进行的基础和保证。
自1993年以来，登记结算公司依照安全、高效和规范的原则，逐步建立了集中清算与分级交收相结合的法人净额结算体系，对A股实行“T＋1”交收制度。
交易当天，上海证券交易所将交易成交数据传给登记结算公司，登记结算公司于交易当天按净额清算原则，对同一会员交易当天的全部买卖进行汇总清算，计算出各会员应收、应付证券或款项的净额，完成清算过程。
交易次日（“T 1”日）上午9：00开始各结算会员的款项的划拨和股票的转移，也即进行交收，使买方得到证券、卖方收到款项。交收的顺序是：先进行二级市场交易的交收，后进行一级市场新股认购交收。交收采取薄记的办法来完成，由会员在登记结算公司开立证券和资金帐户，用于资金交收。结算公司根据清算结果由电脑自动将证券（资金）由付方帐户划至收方帐户。会员与登记结算公司完成清算交收后，再与投资者进行清算交收。
交收在交易的次日完成，便是“T＋1”交收。
3．会员清算资金的划入与划出
会员需要将资金划入备付金帐户，可以通过将资金划入登记结算公司在各家代理银行的存款户得以实现。会员需要划出资金，必须向登记结算公司发出划款指令，再由登记结算公司向上海的银行或银行派出柜发出划款指令，上海的银行再将资金从登记公司存款帐户中划入会员在本地或异地银行的资金往来帐户。
4．结算风险管理
证券结算的风险，归根到底表现为交收不能正常履行，典型的形式为信用风险，即交易一方因破产或其他严重财务问题无力履行交收责任所带来的风险。
信用风险又分为本金风险和重置风险。如一方不足额交收时，另一方可能收不到或不能全部收到应得证券或价款，造成已交付的价款或证券的损失，这就是本金风险；违约方违约造成交易不能实现，未违约方为购得股票或变现需再次交易，因此可能遭受市场价格变化不利而带来的损失，这就是重置风险。
登记结算公司为防止结算风险，采取了如下措施：
（1）清算交割准备金制度。
登记结算公司规定对第一个清算席位按20万元标准收取清算交割准备金，每增加一个清算席位增加5万元。
（2）对透支的管理。
对在T＋1日结算资金不足的，登记结算公司将按有关规定进行罚息处理。
（3）对可能有本金风险的，登记结算公司将扣押其相应的证券资产。