1．股份登记。股份登记包括首次公开发行登记、增发新股登记、送股（或转增股本）登记和配股登记等。
（1）股份首次公开发行和增发登记。在我国，股份公司经主管部门批准公开发行新股，曾采用股票认购证、与储蓄存款挂钩、“全额预缴、比例配售”等网下发行和网上定价发行、网上竞价发行等方式。在不同的发行方式下，股份发行登记的方法略有不同。
采用股票认购证、与储蓄存款挂钩、“全额预缴、比例配售”等网下发行方式认购新股的投资者，首先必须到登记结算公司或其指定的代理机构开立股票账户。然后，投资者凭中签表、股票账户、本人身份证、现金或银行存折到指定的收款点缴款认购，办理股份登记。如果是认购在深圳证券交易所上市的股票，在缴款的同时，投资者应按要求在有关资料中注明自己选定的托管证券公司营业部。收款点办理收款手续后，按要求将认购资料送主承销商签收。主承销商将各收款点所送资料汇总后，将股份登记资料输入电脑，打印新股认购缴款清册送交登记结算公司签收。登记结算公司将股份登记数据资料同开户资料进行核对无误后，打印股东清册，并由主承销商确认、盖章；同时，股东清册连同股份登记数据资料还要送交证券交易所上市部。在规定上市日前，登记结算公司将股东数据资料转入证券交易所电脑数据库。
采用网上定价或网上竞价公开发行方式的，投资者申购后，主承销商根据股票发行公告的有关规定确定认购股数，然后由登记结算公司在发行结束后根据成交记录或配售结果自动完成新股的股份登记。具体办法为：新股认购者在开立股票账户后，可于规定的发行日前，在办理本次发行的证券营业部存人足够的申购资金，然后按买入股票的委托手续办理申购。认购者应在申购结束后到证券营业部确认申购配号，并办理交割手续。如果采取市值配售发行方式，认购者可根据本人证券账户中持有的、可计算配售市值证券的市价总值，按买人股票的委托手续办理申购。申购结束后，认购者应到证券营业部确认申购配号。待主承销商根据股票发行公告的有关规定确定认购股数后，认购者应于规定的缴款日前存人足够的申购资金，并办理申购缴款、交割手续。对于登记结算公司股份登记的实际运作来说，如果是通过网上发行新股的，就根据证券交易所关于股票发行有关事宜的通知，将网上发行总量登记到主承销商发行专户中，并根据网上申购结果，将主承销商证券账户中的相应股份登记到投资者证券账户中。如果是通过网下发行新股的，登记结算公司根据证券发行人申报数据将相应股份登记到投资者证券账户中。
另外，证券发行人应在发行结束后2个交易日内向登记结算公司申请办理股份发行登记。
（2）送股及公积金转增股本登记。送股是指股份公司将其拟分配的红利转增为股本；公积金转增股本是指股份公司将公积金的一部分按每股一定比例转增为股本。对送股（公积金转增股本）的股份登记，是根据上市公司提供的股东大会决议中红利分配方案确定的送股比例或公积金转增股本比例，按照股东数据库中股东的持股数，主动为其增加股数，从而自动完成送股的股份登记手续。送股股份登记的记录在股票账户的过户记录中逐笔反映。
根据有关规定，证券发行人申请办理送股（公积金转增股本）登记，应向登记结算公司提交送股登记（转增股本）申请。登记结算公司根据送股申请，于权益登记El（R 13）登记送股。送股及转增股本产生的新增可上市流通股份在股权登记日（R日）后第二个交易日上市流通（上海市场）。
申请送股（转增股）时，上市公司应确保权益登记日不得与配股、增发、扩募等发行行为的权益登记日重合，并确保自向登记结算公司提交申请表之日至新增股份上市El期间，不得因其他业务改变公司的股本数或权益数。
（3）配股登记。配股是指股份公司以股东所持有的股份数为认购权，按一定比例向股东配售该公司新发行的股票。对配股的股份登记，是在配股登记日闭市后向证券公司传送投资者配股明细数据库。投资者可在公告的配股期限内，委托其指定交易所属证券营业部或原股份托管的证券营业部，在交易时间通过证券交易所电脑交易系统卖出配股权。认购缴款结束后，由登记结算公司主动为认购缴款的股东在相应的股票账户中增加相应的股数。未被认购并且承销商未予包销的股份，根据中国证监会的有关规定即时在可配股份总数中予以扣除，不予登记。配股股份登记的记录在股票账户的过户记录中逐笔反映。
2006年7月，《中国证券登记结算有限责任公司证券登记规则》经中国证监会批准发布，并自发布之日起实施。根据这一规则，股票发行人申请办理股票首次公开发行、增发、配股登记时，应当提供以下申请材料：
①股票登记申请。
②中国证监会关于股票发行的核准文件。
③承销协议。
④具有从事证券业务资格的会计师事务所出具的关于证券发行人全部募集资金到位的验资报告（包括非货币资产所有权已转移至证券发行人处的证明文件）。
⑤通过证券交易所交易系统以外的途径发行（以下称“网下发行”）证券的，还需提供网下发行的证券持有人名册。证券持有人名册应当包括证券代码、证券持有人证券账户号码、证券持有人有效身份证明文件号码、本次登记的持有证券数量等内容。
⑥证券有限售条件的，还需提供限售申请并申报有限售条件证券持有人类别。
⑦凇开发行前国家或国有法人持股的，还需提供国有资产监督管理部门的批准文件；涉及向外国战略投资者定向发行股份的，还需提供商务部等有权部门的批准文件。
⑧涉及司法冻结或质押登记的，还需提供司法协助执行、质押登记相关申请材料。
⑨证券首次发行的，还需提供证券发行人法人有效营业执照副本原件及复印件、法定代表人对指定联络人（董事会秘书或证券事务代表）的授权委托书。
⑩指定联络人有效身份证明文件原件及复印件。
⑩中国结算公司要求提供的其他材料。
权证发行人申请办理权证发行登记，除应当提供上述⑤至⑩项相关材料外，还应当提供以下申请材料：权证登记申请、有权机构关于权证发行的核准文件、中国结算公司要求提供的其他材料。
2．基金登记。证券投资基金网上发行和网下发行要进行基金登记。基金登记的办法是参照股份登记的相关内容来办理的。
基金管理人申请办理基金募集登记，除应当提供上述③至⑩项相关材料外，还应当提供以下申请材料：基金登记申请、中国证监会关于基金募集的核准文件、基金合同、中国结算公司要求提供的其他材料。
3．债券登记。债券发行人申请办理企业债券和公司债券发行登记，除应当提供上述③至⑩项相关材料外，还应当提供以下申请材料：债券登记申请、国家有权部门关于债券发行的核准文件、债券担保协议或有权部门关于免予担保的批准文件、中国结算公司要求提供的其他材料。
记账式国债通过招投标或其他方式发行后，登记结算公司根据财政部和证券交易所相关文件确认的结果，建立证券持有人名册。记账式国债在证券交易所挂牌分销或场外合同分销后，登记结算公司根据证券交易所确认的分销结果，办理记账式国债登记。
证券登记结算公司对证券发行人提供的证券登记申请材料审核通过后．根据其申报的证券登记数据，办理证券持有人名册的初始登记。通过证券交易所交易系统发行（以下称“网上发行”）的证券，证券交易所向登记结算公司传送的认购结果视为证券发行人向登记结算公司提供的初始登记申请材料之一；登记结算公司根据网上发行认购结果，将证券登记到其持有人名下。通过网下发行的证券，登记结算公司根据证券发行人提供的网下发行证券持有人名册，将证券登记到其持有人名下。
登记结算公司完成证券持有人名册初始登记后，向证券发行人出具证券登记证明文件。
由于证券发行人提供的申请材料有误导致初始登记不实所致的一切法律责任由该证券发行人承担，证券登记结算公司不承担任何责任；证券发行人申请对证券初始登记结果进行更正的，登记结算公司依据生效的司法裁决或登记结算公司认可的其他证明材料办理更正手续。