中国结算深圳分公司同结算参与人之间的资金结算流程如下：
（1）交易当日（T日）收市后，深圳证券交易所将交易成交数据传给中国结算深圳分公司。中国结算深圳分公司于T日按净额清算原则，根据结算参与人T日的存取款数据，计算出各结算参与人在T日的头寸余额；再根据T日的交易数据、新股申购、解冻数据及其他资金数据（包括派息、配股认购款、保证金调整、利息、罚息等），计算出各结算参与人在T+1日的应收、应付净额，生成资金结算数据。资金结算数据明细到分支席位。
（2）T+1日开市前，中国结算深圳分公司向各结算参与人发送资金结算明细数据。
①T+1日上午开市前，通过资金结算系统远程操作终端机，将T日及T+1日上午的头寸余额数据及结算头寸明细变动数据，传送给各结算参与人清算中心。
②结算参与人法人单位根据中国结算深圳分公司传送的明细数据，进行内部各营业部之间的资金清算和对账，掌握其资金到账、红利派发、配股缴款、新股冻结及解冻、清算头寸余额等相关的资金情况，并根据结算头寸余额情况进行资金划拨。
③每月的第一个交易日向结算参与人传送上月汇总资金明细数据。
（3）T+1日，结算参与人可联机查询结算备付金账户明细和余额、结算保证金账户明细和余额等。结算参与人应根据其结算备付金账户余额，进行资金交收工作。当结算备付金账户余额不足时，结算参与人应于当日16：30（若当日有新股申购资金结算业务，则为17：O0）前补足；当结算备付金账户余额大于其最低结算备付金限额时，结算参与人可以向中国结算深圳分公司发送电子提款申请，将款项划至其指定收款账户中（结算参与人最大可提款金额=结算备付金账户余额一最低结算备付金限额）。
（4）结算参与人没有足额及时交收，出现透支的行为。结算参与人因结算备付金账户余额不足，没有在规定的时间内足额履行资金交收义务的，中国结算深圳分公司可以采取按中国人民银行规定的金融同业存款利率收取利息，并按每日透支金额的1‰向结算参与人收取罚息，并可以采取冻结结算参与人所管辖相关证券账户上的证券、要求结算参与人立即补足透支金额、强制卖出暂扣证券等必要措施。