但是，人们使用共同感受这一工具时，常常因不加注意而忽略了上述认知过程。因此，许多判断、推理和思维显得是模糊、跳跃的，很象一些自动化的反应，这就是贝克理论中。
“自动化思维”的含义。这样，思维过程中心一些错误观念也因个体不加注意而忽略了，并形成了固定的思维习惯而被保存下来，使个体自身对这些错误的认知观念不能加以反省和批判。这就需要咨询师运用细致的分析技术，帮助求助者分辨并改正这种错误的、习惯化的认知过程。
贝克还认为个体在认识现实世界的过程中，应遵循一定的规则。它们是个体在成长过程中所习得的社会认可的行为准则。个体依据它们评价过去，预期未来，并用它们来指导现在的行为。但是贝克进一步指出，如果个体不顾客观条件，过分按规则行事，也会使其行为不能与现实环境相协调，从而导致情绪困扰和不适应的行为。
综上所述，贝克认为如果个体不能正确使用共同感受这一工具来处理日常生活中的问题，或是对自己的自动化思维中某些错误观念不能加以内省，或是过分按规则行事，无论哪种情况，都会造成认知歪曲，产生不良的情绪和不适应的行为问题。
贝克指出求助者的“自动想法”是一些个人化的观念，它们由一个特定刺激引发并可导致情绪反应。贝克坚信有情绪困难的人倾向于犯一种特有的“逻辑错误”，即将客观现实向自我贬低的方向歪曲。
在上述理论的基础上，贝克指出了下列被称作认知歪曲的导致错误假设与误解的系统推理错误：
(1)主观推断——没有支持的或相关的根据就做出结论
(2)选择性概括——
(3)过度概括——
(4)夸大和缩小——
(5)个性化——
⑹贴标签和错贴标签
⑺极端思维
上述任何一种形式的认知歪曲都可能造成思维紊乱，从而进一步产生各种情绪困扰。贝克论证说，抑郁的产生在于求助者对失败的体验。无论这种失败是否真实，求助者对此都会过分地夸大，认为它是一成不变或不可逆转的，并进一步将这种失败归因于自己的无能或缺陷，对自我作出否定性的评价，认为自己毫无价值。因此，抑郁症求助者往往由于逻辑判断上的错误，以及对事物含义的歪曲而我谴责，对自己作出不合逻辑的推论，并用自我贬低和自我责备的思想去解释所有的事件。
除抑郁症外，贝克还用认知的观点对癔症和强迫症进行了分析。他认为，癔症求助者总认为自己身体受到伤害，并坚信自己有病，把每一种微小的不适感都当作是病症的表现。这种信念增强了他对不适感体验的敏感性，从而造成恶性循环，使他只满足于由于敏感的所显示的证据，而不去做任何努力来验证他是否真的有病。强迫症求助者的典型特征是把某一事件不良后果的可能性过分地夸大，认为必须做些什么来制止这种后果的发生，而且为了彻底避免，应做出更多的努力。于是他总是反复地重复着同一种动作或思考同一个问题，以表明他做出努力的程度，从而象征性地减轻他内心的焦虑。
从贝克对上述几种情绪困扰的分析可以看出各类求助者思维过程中的共同特征，即以自我为中心和极端化的思维方式。求助者对任何事物都是从与其自身有关的角度来进行解释的，把所有事情都与自己联系起来，不能做出客观现实的推理与判断。此外，他的思维也是极端和绝对化的，对事物进行片面、武断和过分概括化的推论，特别是对否定性的经验和预期过分夸大。这两点也正是咨询师前面提到的五种认知歪曲形式的典型特征。
贝克强调，认知治疗对心理障碍的治疗重点应在于减轻或消除那些功能失调的活动(activity of dysfunction)，并帮助求助者建立适应性的功能;鼓励求助者对导致障碍的思维和认知过程，以及情感，动机等内部因素进行自我监察。