工程审计是既严肃又繁琐的工作，要求审计人员必须公正、仔细、认真、负责，在保护国家或者投资人的利益的同时也要让承包方取得相应合法利润。本着公平、公正、实事求是的精神，才能做好审计工作。
1．审计依据要明确
通常水利工程的审计，其依据主要有：
1）水利部的《水利基本建设项目竣工决算审计暂行办法》
2）《基本建设财务管理若干规定》（财基字[1998]4号文）；
3）；《水利基本建设项目竣工财务决算编制规程》；
4）《企业会计准则》；
5）经审查批复的工程初步设计报告和批复文件；
6）工程竣工决算报告及工程结算书；
7）财务帐目表、帐薄、凭证等有关资料；
8）设计施工图纸、设计修改通知书、监理工程师签署的指令等合同文件；
9）其他有关规定。
2．审计方法要得当
要做好审计工作，必须有高效恰当的工作方法，审计的对象主要是工程投资，我们知道量是费的基础，要想控制好工程投资费用，就必需要控制工程量的合理、真实准确（尤其是单价承包合同），其次是工程建设过程中所发生的新增单价的合理以及其他费用。
步骤如下
1）查看现场，熟悉工程情况；
2）熟读概算审批文件和招投标文件，按照招标工程量清单与施工图纸实施项目，对比决算工程项目内容，核对工程项目；
3）根据竣工决算报告查看设计施工图纸、修改通知单、施工单位文件及监理工程师签署的指令文件等，核对决算工程量；
4）按照合同的有关规定，核对标内工程单价，变更项目工程单价依据施工合同及有关规定认真审核；
5）依据《企业会计准则》和《基本建设财务管理财务若干规定》等财务制度，对其他项目（费用）进行审计。结合企业的实际情况，实施包括检查会计记录等我们认为必要的审计程序，并核对签定的合同是否符合有关的法律法规，其支付是否严格按照国家财务制度和合同条款进行。
3．实例
3．1 工程概况
某工程是河口应急防护工程，于2001年1月4日，批准了该工程的初步设计，批准工程总概算为55，179，127．17元。工程建设资金来源为企业自行筹集。工程于2001年3月1日开工，2002年5月31日完工。
工程主要项目为：（1）消力池上游（0－130～0＋150）河床抛石、护底砼、两岸砼护砌、草皮护坡及交通桥桥墩加固；（2）消力池至河口（0＋150～0＋230）池底砼和地下连续墙支护及两岸砼护砌和草皮护坡。
河口应急防护工程分1个单位工程，8个分部工程，396个单元工程。土石方开挖量5．92万m3，混凝土总量为2．43万m3，石方填筑量4．32万m3，钢筋、钢材882．39t。
3．2 审计工作步骤
3．2．1查看现场，了解工程实地情况。
3．2．2组织审计人员熟读概算审批文件和招投标文件，按照招标工程量清单与施工图纸实施项目，对比决算工程项目内容，核对工程项目。
3．2．3审核工程量：
工程量的审核工作是很重要但又很繁琐的，这就要求审计人员必须认真仔细，本次审计根据竣工决算报告，查看设计施工图纸、修改通知单、施工单位文件及监理工程师签署的文件等，核对决算工程量，审核工程量主要是审查有无计算错误、是否重复计算及分项错误。
3．2．4审核单价：
主要审核标外工程单价，按照合同的有关规定，核对标内工程单价，变更项目工程单价依据施工合同，重点审查定额选用是否正确合理、施工方法与实际相符与否、砼标号土方类别是否高套、运距多计等。
3．2．5审核其他项目（费用）：
依据《企业会计准则》和《基本建设财务管理财务若干规定》等财务制度进行，同时结合企业的实际情况，实施包括检查会计记录等认为必要的审计程序，并核对签定的合同是否符合有关的法律法规，其支付是否严格按照国家财务制度和合同条款进行。主要审查是否存在不该计取的或者不符合规定的、重复计算等情况。
3．2．6提出问题与建设单位、监理单位沟通。
1）根据施工合同主体工程单价承包临时工程总价承包，但在结算中有三处签证是临时施工平台的量；
2）齿槽砼和桥墩砼增加木模工程量，工程量计算时木模厚度是4cm ；
3）C20砼护坡、钢筋工程量的计算有重复；
4）个别新增单价部分套用定额时不合理；
5）防渗墙施工空槽的费用支付；
6）建设单位经费用中预留4万元。等其他问题。
就以上问题先后两次与建设单位、监理单位沟通，经过认真讨论，最后达成共识：对于临时施工平台的问题是因为汛期施工期间，洪水超过设计标准，超标洪水冲毁了施工平台，汛后为了恢复施工再次填筑的施工平台所需的量，在查证记录和有关资料的情况下，根据合同文件的47．1条款是应由业主承担的风险，监理签证计量支付是合适的；在齿槽砼和桥墩砼施工时为了赶工期，建设单位通过监理单位要求施工单位在模板未拆除的情况下进行回填，使得该部分模板不能回收，建设单位应该为此承担费用，但在计算模板工程量时，厚度用4cm 计不符合常理，经查看有关工程照片后，应该是2．5cm ，且部分木支撑已包含在砼浇筑单价里的模板摊消中，不应再计算；C20砼护坡、钢筋工程量的计算有重复，根据施工记录资料给予纠正；个别新增单价套用定额时不合理，应选择合适的定额子目；由于防渗墙是在临时施工平台上进行，因此就存在临时施工平台高度内的空槽问题，施工单位在投标报价时没有考虑该部分的工作量，因此施工单位提出该部分的费用要求，监理也签署支付证书，但根据技术条款中的计量和支付规定“防渗墙以m3计，每 m3的单价包含了为完成该项工作的所有费用”，同时查看了招标图纸，招标图纸也明确表示了临时施工平台的高度，因此根据合同此部分费用不该支付；其他费用中建设单位经费所预留的40000．00元应扣除，因其不属于工程建设过程中已发生的实际成本。
3．2．7审计结论
该工程土建施工、监理均已按照国家的有关法律法规进行了招标投标，经查看的有关招投标文件，土建工程施工招标采用综合评分法，以最高得分者为中标人，招标过程体现了公平、公正、公开原则。
财务管理符合《企业会计准则》、财政部财会字[1998]4号《基本建设财务管理的若干规定》等有关规定，在所有重大方面基本公允地反映了该河口应急防护工程的实际投资状况。
工程款支付基本按照国家财务制度和合同条款进行，进度款按月支付，支付符合有关程序。审计同意竣工决算报告列项，工程投资很好地控制在审批的概算之内。
河口应急防护工程初步设计批准的工程总概算为5517．91万元，工程实际总投资为37，310，865．51元，工程总投资中形成固定资产37，278，168．51元，形成流动资产32697．00元，固定资产形成率99．91%。
4．结束语
工程审计是既严肃又繁琐的工作，这就要求审计人员必须公正、仔细、认真、负责，在保护国家或者投资人的利益的同时也要让承包方取得相应合法利润，只有公平公正实事求是才能做好审计工作。因此要求人员必须有较好的素质和相当的工程经验，毫无疑问有过设计、工程造价管理、工程施工或者工程建设监理经验的人员对审计工作是大有裨益的。另外工程在招标时起草的招标文件要尽可能详细、明确，对今后可能发生的事件作出清晰的规定，同时设计必须达到相应的深度，才可以避免工程实施过程的大量修改而引起计量和支付的纠纷。