政治理论课改革调整源于全国普通高校马克思主义理论课和思想品德课（简称“两课”）课程设置新方案的出台和实施。“两课”新方案对原来的“两课”课程设置进行了较大调整，从“旧四门”（马克思主义基本原理、中国革命史、中国社会主义建设、世界政治经济与国际关系）调整为“新五门”（马克思主义哲学原理、马克思主义政治经济学原理、毛泽东思想概论、邓小平理论概论、当代世界政治与经济），在课程内容和逻辑结构上也做了相应调整。为配合“两课”改革，国家教育部自2000年开始，对全国硕士生政治理论入学考试的内容进行调整，并对考试大纲重新修订。
原教育部社政司确定了研究生政治理论入学考试内容调整的改革方案，以2000年、2001年为过渡期，2002年完全按照“两课”新方案进行。过渡期内，研究生入学考试的改革将遵循如下原则进行：课程对应、内容相接、分课推进、平稳过渡。
课程对应，指原“马克思主义基本原理”对应“马克思主义哲学原理”、“马克思主义政治经济学原理”；原“中国革命史”对应“毛泽东思想概论”；原“中国社会主义建设”对应“邓小平理论概论”；原“世界政治经济与国际关系”对应“当代世界经济与政治”。
内容相接，指过渡期内，考试内容以对应课程中相联系、相连接的内容为主，既非原来“旧四门”的体系和内容，也非将来“新五门”的体系和内容，而是依据反映过渡期考试内容的当年大纲及其相应复习资料。
分课推进，指新方案中的课程名称逐次进入考试大纲，课程内容在考试中的比例逐渐增大。2000年大纲中，“邓小平理论概论”和“当代世界政治与经济”进入大纲；今年则是“马克思主义哲学原理”、“马克思主义政治经济学原理”、“毛泽东思想概论”进入新大纲中。
平稳过渡，指做好研究生入学政治理论考试和普通高校实施“两课”新方案的过渡衔接工作。