2000年人事部、卫生部下发了《关于加强卫生专业技术职务评聘工作的通知》（人发[2000]114号）；同年，卫生部、人事部下发关于印发《临床医学专业技术资格考试暂行规定》的通知（卫人发[2000]462号）；2001年卫生部、人事部《关于印发预防医学、全科医学、护理、其他卫生技术等专业技术资格考试暂行规定及临床医学、预防医学、全科医学、药学、护理、其他卫生技术等专业技术资格考试实施办法的通知》（卫人发[2000]164号）。
2001年根据以上三个文件精神，全国卫生专业技术资格考试正式实施，考试专业为91个，考试科目分基础知识、相关专业知识、专业知识和专业实践能力四个科目，每科总分为100分，均为选择题。2002年开考中医专业，考试专业达112个。2003年护士执业资格考试与卫生专业技术资格考试中护士资格考试并轨，同年，开始实施考试成绩“滚动管理”制度。2004年合并、去除6个专业，考试专业为106个。2005年新增两个专业，共开考108个专业。