由于人口的快速增长、资源的过度利用、气候干旱化等，特别是湿地的生态保护功能和社会经济价值并未得到足够的重视，使得我国沿海部分湿地生态系统退化和受损，湿地面积减少，湿地环境遭受污染，湿地生物多样性受到负面影响，湿地生态系统面临着严重威胁。湿地生态系统能够提供许多类型的服务，具有公共物品属性，这决定了湿地保护和开发利用过程中私人成本与社会成本的不对等，形成湿地资源过度开发利用的负外部性，造成社会福利的损失。通过显示湿地开发利用的私人成本和社会成本的差异，可以判定湿地开发利用市场失灵或政府失灵。同时，由于缺乏制度安排等原因，沿海湿地生态系统服务没有得到合理的补偿，湿地资源难以得到持续的保护和有效的管理。这就需要适时采取适宜的资源可持续利用与管理策略，进行沿海湿地生态系统保护，使其服务功能得以稳定的发挥。
（1）完善湿地保护与利用的制度建设
完善沿海湿地环境综合防治的法律法规体系，建立高效的执法监督机制。促进政府部门间的协调和合作取得实效，使沿海滩涂围垦、过度捕捞以及工业污染等问题真正得到解决。在整个湿地生态系统内全面严格限制对自然湿地的围垦利用，严禁盲目围垦，严格滩涂利用审批手续，有效控制自然湿地减少的态势。实行湿地开发许可证制度，严格执行捕捞许可证和捕捞限额制度，规定可捕种类和数量，使渔业活动收到时空限制。在鱼、虾、蟹、贝的重要产区直接引水、用水时，必须避开幼苗的密集期、密集区，必要时采取网栅设置等保护措施。对围垦区有碍于行洪排涝，破坏生态环境或占用重要水禽繁殖地，要采取“退田还泽（滩）”的应急措施，促进整个湿地生态系统的自然恢复。
实施大规模的伏季休渔制度，休渔的保护对象从鱼类扩大到蟹虾类，强化伏季休渔期间的增殖放流，使海洋渔业资源的恢复从“静态的养护”变成“动态的保护”，促进湿地资源的可持续利用。在不影响湿地生态系统完整性前提下，整合湿地资源利用方式，以减少湿地资源利用中可能发生的冲突，进而提高资源产出率。
（2）建立湿地可持续利用的激励机制
沿海湿地可持续利用的效益对中央政府、地方政府和农户是不同的，因此，他们在湿地可持续利用的途径选择上的作为也是不同的。农户在效用最大化的驱动下，进行各种生产要素的优化组合，安排湿地的利用方式。湿地的外部性与公共物品属性决定中央政府干预湿地利用的经济行为是必要的。从经济理性来看，作为利益主体的地方政府，由地区利益诱发的行为具有其合理性。三者必将进行博弈，这就需要运用激励机制，实现博弈结果的合作均衡。
将沿海湿地保护纳入到地方政府政绩考核的指标体系中，对湿地保护不力的给予惩处，这样将强化政府在做决策时将湿地保护不力所面临的风险纳入成本收益计算，从而激励地方政府保护湿地的行为。在制度框架内提供一种内生的激励机制和约束机制，使农户或养殖户对保护湿地有强烈的收入期望，进而提高其积极性。对采取湿地保护的县域、企业和个人提供相应的补贴，使湿地保护不再停留于政府的强制性行为和社会的公益性行为，而是投资与收益对称的经济行为，使湿地保护成果转变为经济效益，激励投入者更好地保护湿地。
运用经济激励手段的目标就是确保利用沿海湿地生态系统的真实成本传输给生产者和消费者，从而纠正市场失灵。可以通过赋予原来自由使用的生态系统服务一个价格来促进市场发育。例如，征收海域及湿地使用费、渔业资源使用费等。同时，通过评估沿海湿地生态系统服务的价值，使这些价值纳入到生态系统产品和服务的价格之中，来调整市场。例如，政府可以通过判定某一具体湿地保护区或旅游景点的价值，向商业性旅游业运营商征收许可证费来调整区域旅游资源市场。
（3）将湿地生态建设纳入区域综合发展规划
随着沿海湿地资源稀缺性增加，湿地开发与保护需要付出的劳动将越多，湿地资源价值也会随之增加。作为区域生态环境建设的重要组成部分，湿地保护与开发利用应被纳入沿海地区综合发展总体规划之中。调节海洋资源的开发利用，实行湿地保护、湿地恢复工程。通过对淡水湿地、盐生沼泽湿地和海涂泥滩湿地的保护和修复，可使受损的湿地生态系统再现其完整的组织结构和特有的生态功能，增强沿海湿地生态系统景观结构的稳定性。通过开展沿海地区生态养殖工程示范区建设等，促进区域生态产业的发展，以提高当地社区的经济收入，增加居民的就业机会。
湿地生态系统管理的优化模式是对沿海地区进行造血式经济补偿，如提供技术、管理经验、投资开发等，促进区域经济发展，加强湿地生态系统保护与开发利用的社区合作。推行沿海地区清洁生产，把污染治理由末端治理向源头防治转变，降低环境治理成本。在确保湿地资源的合理开发的同时，促进湿地资源的再生或替代资源的开发。沿海湿地生态系统综合管理实施后，社会总资本的存量没有减少，自然资本的存量和获利能力没有下降，将实现综合管理的代际公平。
（4）建立湿地生态补偿机制
湿地保护是具有正外部性的实践，合理的制度安排有利于外部性内在化。沿海湿地生态系统的利用者从这些保护或者修复生态系统的行为中获得收益，这些受益者应该承担相应的成本。为了激励湿地生态系统修复的行为，受益者必须对保护或者修复者进行补偿。湿地生态补偿机制是调整保护与损害或受益于湿地生态环境的主体间利益关系的一种制度安排。政府应成为补偿的重要主体之一。同时，可通过科学方法来确定受益者，由受益者来作为补偿主体。进一步明晰产权，对湿地保护者和减少湿地破坏的人员给以补偿，激励湿地产权主体维护湿地投入的可持续性。
沿海湿地生态补偿是一种帕累托改进，即在其实施过程中，至少有一个人受益，但不会有任何人受损。因为不仅区域湿地资源配置的效率得到提高，而且受保护的区域内个人的福利都得到改善，实现社会福利的优化。根据《物权法》规定的渔业水域滩涂补偿原则，按照国家“生活水平不降低、长远生计有保障”的要求，参照农村土地承包经营权，确定补偿办法和标准，补偿的范围应包括滩涂湿地的占用补偿、水产品及水上设施的补偿和农民、渔民生产和生活安置等内容。
沿海湿地补偿机制的建立需要筹集足够的补偿资金，使它不仅能补偿湿地保护的经济成本，而且可能补偿其生态效益的价值。同时，需要设计出将补偿金发给补偿地区的被补偿人的方案。湿地生态补偿的对象应是直接参与湿地保护的机构和个人或者由于湿地保护而导致当地经济和个人利益受损的地方政府和个人。按照“谁保护，谁受益”、“谁受益，谁付费”的原则，确定受损部门补偿标准的估算方法和受益部门应该分摊的成本估算方法。对农民、渔民的补偿费用应当由湿地生态系统受益者负担，包括渔业部门、港口航运部门、旅游部门、资源和环境保护部门等。
沿海湿地生态功能补偿途径应以其补偿方式为基础，只有理顺各种补偿方式的作用和操作流程以及涉及相关内容，才能更好的进行方式组合。沿海湿地保护的生态补偿可以采取政府补偿与受益地区收取保护补偿费等其他形式相结合的方法。探索政府和市场相结合的补偿资金使用办法，将公益性生态补偿机制转变为利益性生态补偿，即通过政府政策的引导、扶持，吸引其他经济主体投资湿地保护。政府提供湿地保护补偿的具体政策由各市场中介组织具体实施，通过运用市场机制来提高湿地保护补偿资金的使用效益。这就需要完善公共支付体系，加大财政转移支付力度补偿，对因湿地保护而造成的财政减收，应作为计算财政支付资金分配的重要因素。同时，强化政府责任，使其不仅提供湿地生态系统服务，而且能够以税收等手段向湿地的受益者收回公共产品的成本，以维持湿地生态系统的稳定性。
（5） 开展湿地产权界定和交易，增强湿地可持续利用动力
通过明晰沿海湿地产权，消除湿地外部性影响，以协调沿海湿地生态系统的服务功能。沿海湿地生态系统的自然特征，决定了将沿海湿地划分为私人所有产权的成本较高，而且即使进行了分割，这种所有权也很难执行。因此，沿海湿地生态系统管理中的最重要的不是设定私人所有权，而是逐步精细化个人使用权。必须明确湿地资源的所有权和使用权，实行两权分离，其所有权归国家，使用权归付费使用者，以确实维护使用者的权益，抑制湿地资源过度消耗。同时，在征求了公众意见的基础上，应建立沿海湿地产权交易的公示和审批制度，使有关机构能够衡量各种利益关系，并以此作为依据最终决定是否批准湿地产权交易。
通过建立沿海湿地专属经济区，确定产权归属，以限制非产权所有者获得经济专属区生态系统服务。由于市场主体具有的趋利避害性，通过自愿交易可以达到湿地外部效应的内部化。随着市场经济的发育和完善，湿地效益计量手段也日趋科学化，这使得湿地保护的提供者和受益者直接交易方式更具有现实性。
（6） 促进利益相关者参与湿地资源的保护与管理
明确相关部门职能，完善沿海湿地保护的协调机制。打破部门、行业的界限，避免多头管理和重复建设。培育湿地保护机构的可持续管理能力，在目标一致、利益互补的原则下，的林业、渔业、环保、水利等部门可以协商合作，成立专门的湿地管理委员会，制定湿地保护与开发利用的政策法规，组织实行湿地生态补偿的定量化，为生态补偿活动提供补偿依据、补偿原则和补偿实施程序等。同时，开展湿地生态保护费的征收和分配。建立湿地生态保护基金，并通过湿地生态保护组织网络输送到所需要地区，以使湿地保护成本降至最低，实现沿海湿地经济效益和环境效益最大化。
增加沿海湿地保护投入，把湿地保护纳入政府公共财政范围，引导和鼓励社会参与湿地保护，扩大湿地保护资金来源渠道，鼓励社会资金投向湿地建设，满足湿地保护所承担的生态建设的实际需求。开展湿地保护与开发利用主体的能力建设，充分运用法律强制、行政干预和经济调控等手段，提高公众保护湿地的意识，赋予农民、渔民享有充分决策的自主权利。建立湿地资源保护与开发利用决策的民主管理机制，利益相关者直接参与区域湿地资源的利用，进行湿地可持续利用主体间的利益博弈，确保湿地可持续利用的主体行为利益，使公众真正成为湿地资源保护的主体。在湿地生态系统基本建设、监测巡护、生态旅游等方面可吸收周边社区的积极参与。
沿海湿地共同管理的主要目的在于通过把利益相关者纳入湿地保护和利用规划的制定和实施过程中，使其能够真正认识到规划的内容及其制定和实施程序的合理性，增强其遵守管理制度的自觉性。因此，在湿地资源保护与开发利用中，村民、政府部门、企业及其他利益相关者可以自主参与湿地项目的决策、实施、利益分配及监督和评估，集体讨论资源的权属、利用、处置、收益等问题。同时，许多利益相关者拥有丰富的实践知识，他们的参与可以弥补农业、渔业专家和管理人员专项知识的不足，以探求更为公平有效的管理途径，进而增强沿海湿地生态系统服务功能的可持续性。