随着人口增长、经济社会发展和城镇化速度加快，水资源形势日益严峻。一方面，一些地区严重缺水，水体污染加剧，人民群众饮水安全受到威胁。另一方面，用水成本偏低、用水效率不高、节水意识不强、供水管理体制不合理等问题十分突出，加剧了水资源的供需矛盾，成为制约可持续发展的突出问题。为了增强水资源对经济社会可持续发展的保障能力，应把水资源管理作为国家可持续发展的战略问题对待，应当加强管理。
一、适应市场经济规律的行政管理措施
对水资源的管理，应坚持以人为本，树立全面、协调和可持续发展的科学发展观，适应社会主义市场经济规律，使水资源管理在国家宏观经济管理中发挥更大作用。
对水资源管理的理念、方针、政策和策略应通过法律法规形式予以确定，以保证连续性和稳定性。市场经济是规则经济，各种经济活动也必须依据规则开展，需要通过法规来规范全社会对稀缺资源的利用。《水法》是水资源管理的基本法律依据，还应根据我国经济社会和水利发展实际情况，充分体现中国特色社会主义制度的价值理念，完善水资源管理法规体系。围绕节水型社会建设，推动国家水权制度建立。
目前在部门分工协作、分级负责、流域管理和区域管理相结合的管理体制基础上，探索建立统一、精干、高效，充分发挥社会管理和公共服务职能作用的水资源行政管理体制。管理机制应体现科学、民主和依法执政的执政能力建设要求，形成政府有效调控、市场正确引导、社会适度参与的水资源管理决策和执行体系。以利于节约管理资源和提高执行效率；充分整合已经存在的各种信息，减少冗余的信息分析论证工作，减少虚假信息对决策的干扰，以利于降低决策成本和提高决策质量；应根据行政功能构建执行体系，在信息化高度发达的时代，高效率行政的关键是减少执行体系中间层次和决策执行环节，提高执行体系的整体协调性。管理人员是现代化管理的核心，既是管理体系的关键要素，又是体系其它要素的制定和使用者，管理人员素质必须适应现代化管理各种要求。
水资源特有属性和市场经济对资源配置方式决定了政府对水资源管理应以宏观管理为主，宏观管理的重点是水资源供求管理和水资源保护管理。在水资源配置、开发、利用和保护等环节，围绕处理水资源供给与需求、开发和保护的关系，以及处理由此而产生的人们之间的关系，成为水资源管理的永恒主题。以水资源可持续利用支撑经济社会可持续发展，保障国家发展战略目标的实现，这是水资源管理的根本任务。实现经济效益、社会效益和环境效益高度协调统一的水资源优化配置是管理的最高目标。
为保证水资源可持续利用和促进水资源优化配置，在国家发展不同时期和水资源利用不同阶段，水资源供求管理和水资源保护管理侧重点是变化的。水资源开发和保护、供给和需求是现代水利发展中的基本矛盾，涉及人与自然的关系和人们之间的关系。当人们改造自然界的活动处于水资源承载能力和水环境承载能力范围之内时，水资源开发和供给是人们关注的重点，即满足需求是主要矛盾；一旦开发利用达到两个承载能力或其中之一，矛盾就会发生转化，水资源需求和保护就成为矛盾主要方面，控制需求成为主要矛盾。对水资源管理的理念、方针、政策和策略都要随着矛盾性质的改变而调整，节水型社会建设就成为关键的战略举措。
水资源是具有流域整体属性的稀缺资源，其配置影响区域间的利益协调，也影响行业间的利益分配。水资源管理应统筹兼顾效率和公平，既要政府宏观调控又要充分发挥市场基础性作用，二者形成有机互补的关系。
目前经济社会发展需求与水资源承载能力、水环境承载能力的矛盾突出，已经成为我国经济社会发展的关键制约因素，尤其是对传统的重化工业发展影响最为突出。应将水资源配置纳入宏观经济管理范畴。各级政府及其水行政主管部门应积极采取措施，大力推动节水型社会建设。在管好土地资源闸门的同时，也应更好地管理水闸门。
二、符合市场规律的经济管理措施
为合理、充分利用水资源，应采取经济措施管理水资源，把水资源使用中的经济效益、社会效益、环境效益与企业和社会公众的行为有机结合起来。
根据市场经济的资源权属和优化配置理论，明晰的水资源使用权是发挥市场基础性作用优化配置水资源的前提条件。按照现行《水法》，水资源属于国家所有，实行分级管理。因此，我国水权制度是涉及水资源管理权、开发经营权、使用权和排污权的制度体系。建立符合我国特点的水权制度，管理权界定、开发经营权许可与使用权和排污权明晰同等重要。开发经营权是管理权和使用权转换的中间环节，管理权限不清就无法决定由哪一级政府负责明晰具体的使用权，并引起开发经营权授予混乱，导致使用权的不完整和用水无序问题。排污权是利用经济手段保护水资源的重要措施。由于国家经济体制处于转型和完善过程中，水资源使用存在历史延续，因此水权制度建设应整体进行。
由于水资源流动和变化不固定等自然属性，即使在水权制度不完善阶段，地域性和随机性的水市场也会存在。水权制度为水市场奠定基础，水市场推动水权制度完善，二者是交叉作用和相辅相成发展的。水市场不是完全自由竞争的市场，对进行交易的用水类型应受政府宏观控制，只能是准市场。应建立水市场准入规则，市场准入规则是对生产用水类型的政策约束。为实现水资源优化配置，利用经济手段协调区域之间的利益关系，水市场也应包括区域水资源管理权出让和水资源开发经营权转让。水资源管理权出让和水资源开发经营权转让要有相对稳定的期限，生产用水的使用权、排污权转让可划分为长期转让、中期转让和临时转让等多种形式。为推动节约用水和保护水环境，维持水市场有序运行和公平交易，交易规则可作为政府对水资源利用的政策导向。在水市场交易规则中应对不同转让类型和不同转让形式设定具体的政策限制；在遵循价值规律和供求规律基础上，应针对不同类型交易制定价格形成原则。
水价形成机制是促进节约用水和保护消费者利益的关键因素，也是经济管理措施的核心内容。由于用水性质的多样性，使得水价形成机制具有复杂性。水价管理在遵循价值规律和供求规律的同时，应将具有公共利益特征的用水和经济发展用水区别对待。当前，我国许多地区都在研究和探索
水价形成机制，并取得成功经验，主要是规定符合国情的水资源使用费和累进式水价确定原则。
水资源使用费是将水资源使用中外部成本内部化的最有效形式，政府应采用作为对水资源使用的经济政策导向，通过设定不同的收费标准，鼓励、限制和约束水资源使用类型。将水资源使用费作为财政专项收入，由中央和地方政府通过财政预算用于水资源保护和公益性水资源开发及其管理等特定项目。
水资源经过开发后进入流通市场成为商品水，开发与经营具有密切联系，在一定程度上是难以完全分割的整体，作为饮料的特种用水应另当别论。水作为商品进入市场，由市场主体对其进行经营，这必然要求水资源开发活动也要通过市场主体来承担。水资源开发是经济效益、社会效益和环境效益的结合，作为一种特殊商品，其经营主体一旦确定后，就具有市场垄断性，这可能导致开发经营主体的经营行为违背市场规则。建立符合市场竞争规律的水资源开发经营许可制度是经济管理措施不可或缺的组成部分。为避免"市场失灵"现象发生，应在水资源开发和经营阶段引入竞争机制，通过市场竞争选择水资源开发经营主体，通过水价形成机制和用水户参与市场管理约束经营主体的经营行为。
三、具有时代特征的技术管理措施
技术管理工作主要是建立具有时代特点的规程规范体系、水资源规划体系、微观定额和宏观总量指标体系，以及采用先进信息技术的水资源监测体系。
规程规范是水资源管理的技术法规，是科学决策的技术依据，是下述其它技术管理体系的技术遵循。水资源管理与其它水利管理密不可分，涉及技术、经济、生态、环境，以及社会科学各领域，是综合性管理。为了保证水资源配置、开发、利用和保护等工作规范化开展，程序化管理，需要用规程规范来协调和统一各种涉水技术活动。不同环节和各个阶段技术工作要依据相应规程规范进行，并依据规程规范对技术成果进行评价和审查。在经济社会发展不同阶段，在不同的经济体制中，水资源管理的理念、方式和方法是与时俱进的；随着人们对客观事物认识能力的提高和对客观规律认识的深化，技术工作的遵循也必需不断调整和完善。当前应按照资源水利，即可持续发展水利的要求修订和完善规程规范体系。
水资源规划是由流域和区域综合规划、专业规划、专项规划和专题研究等组成的规划体系。水资源规划体系是科学管理的基础，也是依法管理水资源的重要依据。综合规划的基本任务是评价流域或区域内水资源开发利用状况，研究分析流域或区域自然条件及特点，评价水资源承载能力和水环境承载能力，预测经济社会发展趋势和用水前景，按照科学发展观要求，研究流域或区域内水资源配置、开发、节约、保护和宏观经济社会活动之间的关系，拟定不同发展阶段在流域或区域采取的解决供需矛盾的各种措施，以及实施步骤和水资源管理的意见和建议等。
与生产力发展相适应的微观定额和宏观总量指标体系是管理的技术标准，是水资源宏观管理和微观管理的结合点，也是人们用水的行为准则。微观用水定额是不同行业生产力发展水平的体现，以单位产值确定用水定额并不科学，由于物价和汇率变化，这种定额在横向和纵向都不具有可对比性，应该逐渐采用实物指标用水定额。微观用水定额是随时间和地域而变化的指标体系。在水资源承载能力和水环境承载能力范围内，根据用水权或取水许可，通过总量指标对区域、产业或用水户的用水过程、用水保证率、排水质量，以及河流生态和自然环境需水状态等进行宏观控制。
监测体系是水资源管理的基础设施，也是现代化管理的必备物质条件，是实行行政管理手段和经济管理手段的保证。水资源即时调度、水资源变化状态监控和水市场交易量测都需要有监测体系实施检测。监测体系由信息采集系统、信息传输系统、信息分析处理系统、决策支持系统及其相应硬件设备组成。监测体系要与水系相对应，覆盖所有计量断面、各种需要监测的取水口和排水口。
水资源管理还涉及洪水管理、水生态管理和水利工程管理等其它水利管理领域，既相互紧密联系，又有区别。在节水型社会建设中，各项管理缺一不可。应遵循社会主义市场经济规律认真研究，使各项管理成为完整的管理体系，联合发挥作用，支撑和保障经济社会可持续发展。