2003年，《全国水利信息化规划》（以下简称《规划》）已经正式下发，《规划》对水利信息化建设近期、中期、远期目标作出了统一部署。《规划》中提出的宏伟目标与实现水利现代化方方面面紧密相连，因此必须正确处理推进水利信息化过程中已经遇到或将要遇到的各种关系。只有这样才能使水利信息化的建设风险降低、回报率提高，达到经济、有效、可持续发展的目的。
一、现代信息技术与政府管理制度的关系
水利信息化是现代信息技术在水利部门中的应用，其中尤以政府部门为主，因此这种应用必须同政府管理制度的改革创新结合起来，并为其服务。
不能只重技术，不重制度。是技术重于制度，还是制度重于技术，必须因时而异，视情况发展而定，但切忌用技术手段去固化政府行政管理程序。运用信息技术促进政府管理改革创新，是水利信息化的一项重要使命。特别是信息技术的应用务必做到三个结合：同政府职能转变相结合，同政府业务流程重组相结合，同政府机构改革相结合。
二、全面规划与分步实施的关系
为了使系统能够真正发挥效益，信息必须做到完整、准确和及时，这就有必要对整个系统进行统一规划。在保证各个数据流畅通的前提下，消除“信息孤岛”，实现各个子系统的高速、高效互联，达到信息共享和网上数据交换，提高信息传递效率。《规划》是水利信息化工程建设的全局性文件，要以水利信息资源开发利用为核心，以水利信息网和国家水利数据中心等重点工程建设为突破口。在统一规划的指导下，根据水利业务的轻重缓急和资金技术条件，分阶段、分层次实施，同时要重视建设的路径，采取小步快跑的办法，突出重点，稳步前进，取得成效后再逐步铺开。
三、自上而下与自下而上的关系
推进水利信息化主要是政府行为，但需有企业和公众的积极参与。政府推动，决定了水利信息化的进展是由上而下的，但需求导向又促使水利信息化的进展必须由下而上。近20年来我国水利信息系统建设的经验也表明，自上而下必须同自下而上相结合，否则系统建设败多成少。水利信息化实际上是一种开放式的信息系统，所以它也要考虑自上而下与自下而上两种发展方式的结合问题，以及在什么条件、什么情况下以何种发展方式为主的问题。如果只靠上面定方向、下指标，而不去创造环境，不鼓励和发挥基层的主动性和积极性，水利信息化即使搞起来也不能持久。
四、先进与实用的关系
先进性是水利信息化建设的必然要求，采用的技术起点要高，尽量选用当前最先进的软件、硬件及通信设施，采用先进的管理方法和支持方法。
实用性是指在具体实施阶段应根据实际需要和操作便利设计系统的规模，并充分利用现有资源，避免重复建设。要真正做到在实用基础上的先进，先进指导下的实用，使水利信息化建设既满足现实管理的需要，又符合当代信息技术发展的趋势。
五、标准化与个性化的关系
水利信息化是一项跨地区、跨部门、跨学科的大型工程，是在国家信息化的统一部署下，立足水利，条块结合、联合共建、信息资源共享的一项系统工程。统一标准，是避免低水平重复建设，实现互联互通、资源共享、信息安全，推动水利信息化健康、有序地发展的有效措施，特别是网络和信息的标准规范要统一。
强调统一，不是要否定水利信息化中的个性化问题。水利信息化的道路要体现各自的特色，要形成自己的个性和竞争比较优势，特别是系统的应用和提供服务要多样化、个性化，只有这样水利信息化才能得到更快的发展。
六、开发与继承的关系
根据新技术的出现和应用的需要，水利信息系统必须重视新系统的开发，特别是基于新技术和新技术架构下的系统开发。但是还应该注意到，经过多年的建设，水利信息化已经取得了丰硕的成果，特别是一些应用系统的建设，有的系统可以通过改造、整合以充分发挥已建系统的效益，因此水利信息化的建设既要重视新技术的开发应用，也要重视在原有系统基础上的继承、整合和发展。
七、专网与公网的关系
目前，水利通信网发展迅速，通信方式种类较多，正确选择既能满足水利信息传输需要又高度可靠的通信方式是水利信息化建设中需要妥善处理的问题。通常，水利信息化建设采用的通信方式有电信公网和水利自建专网两大类。选择通信方式的总体原则是：公专结合、互为补充，主要利用公网资源、避免重复建设，充分利用已有水利通信资源。具体要求是：县级以上城市和公网发达的县（区）以公网为主、水利专网为辅，公网不发达的县（区）和信息采集点则以水利专网为主、公网为辅。鉴于水利工作尤其是防汛工作的重要性，不论采用何种通信方式，水利信息通信系统均要求高度可靠，在恶劣气候条件下、在地理位置偏僻的地方、在各种突发事件的状况下，能保证网络畅通，实现防汛信息的畅通，通信骨干网要求能高质量、高速度传输各种水利多媒体信息。随着通信技术的日新月异发展，在选择通信方式时，应充分考虑通信网络的可扩展性和灵活性，并适当超前、适应长远发展的需要。
八、政务内网与外网的关系
按照国家有关政策，我国电子政务的网络结构分为政务内网和外网两部分，两者之间实现物理隔离。内网主要传输的是涉及国家秘密的相关信息和办公业务，而外网主要实现政府及其公共部门面向社会、公众、企业所提供的各种管理和服务。政务内网建设必须坚持最小化原则，把网络建设的重点放在面向企业、公众管理与服务的政务外网上。
九、安全与开放的关系
水利信息在国家社会经济发展中既是基础性信息，又是战略性资源，水利信息服务既要满足社会需要，又要保证信息安全。在大力开发信息服务技术，提高服务水平，实现水利信息社会化服务的同时，一定要从国家政治经济安全的战略高度，严格按照国家信息安全与保密的有关规定，强化信息安全意识，完善各项安全保密制度和措施，建立信息安全保障体系。不同的安全解决方案意味着不同的成本。一般说，层级愈高的政府，其对信息安全的要求也愈高。但是到了基层，其政务活动一般不涉及国家机密，并且承担着大量的对企业、公众的管理与服务职能。对于这类机构的信息化，就没必要把信息安全强调到不适当的地步。对于包括县以下的基层政府，不一定要构建统一的政务内网，而是通过构建政务外网与政府的办公自动化系统相连接。因此，必须实事求是，紧密结合水利业务应用种类，制定恰当的安全策略，在此基础上设计安全标准和安全规范，避免安全投资过度或不足。
十、建设与管理的关系
建设与管理密不可分，建设是管理的前提和基础，管理是工程长期发挥效益的重要手段。信息系统建设结构复杂、涉及面广，往往随着主观需求、客观环境的变化，需要不断进行完善，这是信息系统的最大特点。因此，为确保系统的良性运行，长期受益，既要重视系统建设，更要重视系统管理，从根本上解决“重建轻管”问题。要着眼当前、兼顾未来，避免因建设和管理脱节，效益无法实现。
十一、硬件与软件的关系
由于对信息化的认识不全面，很多部门普遍存在着“重硬轻软，重网络轻数据”的错误认识。突出表现在：热衷于看得见、摸得着、有形象的硬件投资，而对看不见、摸不着的软件投资舍不得投入。原因是没有用心去进行信息资源的开发与利用，致使耗费巨资建设的宽带网络没有“数据跑”，网站无人光顾。信息社会的基本标志之一就是建立在网络基础之上的计算机软硬件在社会生产与生活各个层面的应用，其核心是软件应用。因此，软件在水利业务系统建设方面显得尤其重要，要加大投入比重，努力开发出各类高水平的水利专业软件，这样才能使水利信息化建设真正落到实处，各项目标任务才能真正实现。
水利信息化建设是一项规模庞大、结构复杂的系统工程，在水利信息化建设过程中需要妥善处理好上述十一个关系，并统筹兼顾，协同整合，全面考虑，防止片面性。