根据2005年11月30日发布的《中华人民共和国海关报关员资格证书管理办法》规定报关员资格证书不设有效期，全国通用，即，报关员资格证书终身有效，无论在国内哪个海关报名参加考试考取报关员资格证书，均可在全国范围内使用。
取得报关员资格证书的人员，如果从事报关工作，需要找到一家报关单位，先实习满3个月后并与报关单位建立劳动合同关系或者聘用合同关系，然后持《报关员资格证书》等材料到海关申请办理注册手续，经海关审核，颁发《报关员证》，持《报关员证》办理报关手续。
报关员注册以后颁发的《报关员证》有效期为2年，《报关员证》不同于报关员资格证。在海关办理注册手续并获得的《报关员证》根据报关单位的报关业务范围限定了其使用区域，只能在海关规定的口岸及范围内使用。